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典型文献
2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC毒株流行特征及分子进化分析
文献摘要:
目的:了解2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC的流行史、进化模式和传播特征,为精准防控该毒株的传播提供科学依据。方法:对南京市319例HIV-1 CRF07_BC患者的 pol区基因序列扩增测序并构建最大似然树。使用MCMC(Markov Chain Monte Carlo)算法生成MCC树(Maximum Clade Credibility tree),使用BSP(Bayesian Skyline Plot)法重塑有效人口规模数变化趋势。采用成对基因距离法构建分子网络探究其传播特征。 结果:319名HIV-1 CRF07_BC感染者中,95.0%为男性,多性伴(2个及以上)比例达82.8%,仅4.4%病例自报一直使用安全套,男男同性性行为(MSM)为最主要的感染途径(77.4%)。进化树结果显示,HIV-1 CRF07_BC呈现两大流行簇:Cluster1和Cluster2,Cluster1以MSM感染病例为主,Cluster2以异性性行为感染病例为主。Cluster1和Cluster2的最近共同祖先时间分别为2002.47(1999.91,2005.43)年、1996.38(1992.55,1999.76)年,进化速率(95% highest posterior density, 95%HPD)分别为1.73×10 -3 (1.36×10 -3 ~2.16×10 -3 )substitutions·site -1 ·year -1 、2.09×10 -3 (1.50×10 -3 ~2.79×10 -3 )substitutions·site -1 ·year -1,有效人口规模数分别在2002年、2003年之后趋于稳定。此外,Cluster1和Cluster2分别形成了11个、8个独特的分支,提示该基因型存在发散性流行的可能。分子传播网络中共形成35个传播簇,平均度数为4.3,92条南京分离序列分布在网络内。男性、MSM、多性伴有更大可能性入网,学生人群及年轻患者入网率较高。 结论:2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC感染者存在低龄化现象,多性伴、无保护性行为及MSM突出。建议对学生、青年人群加以重点关注,对高危性行为制定更多有效的防控措施,并对CRF07_BC毒株进行持续的分子监测,为开展HIV CRF07_BC精准防控工作提供科学依据。
文献关键词:
HIV-1 CRF07_BC;流行特征;分子进化
作者姓名:
李睿;刘洋阳;李小杉;李伟;葛尤;费高强;储金金;卫平民
作者机构:
东南大学公共卫生学院,南京 210009;南京医科大学附属无锡人民医院肺移植中心,无锡 214023;南京医科大学附属儿童医院质量管理办公室,南京 210008
引用格式:
[1]李睿;刘洋阳;李小杉;李伟;葛尤;费高强;储金金;卫平民-.2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC毒株流行特征及分子进化分析)[J].中华微生物学和免疫学杂志,2022(02):101-109
A类:
Credibility,Cluster2,site ,year
B类:
HIV,CRF07,BC,毒株,流行特征,分子进化,进化分析,传播特征,精准防控,pol,基因序列,最大似然,MCMC,Markov,Chain,Monte,Carlo,MCC,Maximum,Clade,tree,BSP,Bayesian,Skyline,Plot,人口规模,模数,基因距离,分子网络,感染者,多性伴,自报,使用安全,安全套,男男同性性行为,MSM,感染途径,进化树,大流行,Cluster1,感染病,共同祖先,进化速率,highest,posterior,density,HPD,10 ,substitutions,基因型,发散性,分子传播网络,共形,传播簇,平均度,分离序列,入网,学生人群,年轻患者,低龄化,无保护性行为,青年人群,高危性行为,防控工作
AB值:
0.377149
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