典型文献
北京市一例HIV-1独特型重组毒株近全长基因组特征分析
文献摘要:
目的:分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法:基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果:共获得长度为8 792 bp的HIV-1近全长基因序列,分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database ()中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点,分4个重组片段,分别是ICRF01_AE(790~6035,HXB2),IICRF07_BC(6036~8586,HXB2),IIICRF01_AE(8587~8828,HXB2)和IVCRF07_BC(8829~9411,HXB2)。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇;IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论:1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式,提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况,为保障安全用血提供科学数据。
文献关键词:
人类免疫缺陷病毒1型;近全长基因序列分析;重组毒株;献血人群
中图分类号:
作者姓名:
高占;陈立;刘正敏;孙婧
作者机构:
北京市红十字血液中心检验科 100088
文献出处:
引用格式:
[1]高占;陈立;刘正敏;孙婧-.北京市一例HIV-1独特型重组毒株近全长基因组特征分析)[J].国际病毒学杂志,2022(06):467-472
A类:
jpHMM,SimPlot3,ICRF01,HXB2,IICRF07,IIICRF01,IVCRF07,CRF07BC,近全长基因序列分析
B类:
一例,HIV,独特型,重组毒株,近全长基因组,基因组特征,献血人群,人群筛查,基因结构,血液筛查,逆转录,cDNA,稀释法,两段,RIP,重组分析,MEGA7,软件构建,Neighbor,joining,系统进化树,共获,bp,AE,Los,Alamos,Database,断点,C4,感染者,重组模式,流行情况,保障安全,用血,科学数据,人类免疫缺陷病毒
AB值:
0.262686
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