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'芙蓉李'糖转运蛋白家族基因鉴定及表达分析
文献摘要：
基于'芙蓉李'(Prunus salicina)基因组数据,采用生物信息学分析方法鉴定糖转运蛋白家族基因,并对其蛋白质理化特性、亚细胞定位、系统进化树、蛋白质保守结构域以及表达模式进行分析.共鉴定出49个该家族基因,根据保守结构域和系统发育分析将其分为7个亚家族.蛋白质介于313～948个氨基酸之间,预测定位于质膜或液泡膜;所有的蛋白都含有保守的糖转运体结构域(PF00083),其中大多数含有12个跨膜螺旋.通过比对'芙蓉李'果实发育过程的RNA-seq数据,对49个基因进行表达谱分析,其中15个在果实不同发育阶段差异表达;qRT-PCR分析表明,15个差异表达基因中有9个基因与果实葡萄糖和蔗糖含量显著正/负相关,其中1个肌醇转运蛋白亚家族基因(PsINT4)、1个糖转运蛋白亚家族基因(PsSTP11)、1个糖促进蛋白亚家族基因(PsSFP5)和1个液泡单糖转运蛋白亚家族基因(PsTMT1)在'芙蓉李'果实发育过程中具有较高的表达量,可能在'芙蓉李'果实发育和成熟过程中对糖分积累起重要作用.
文献关键词：
李;基因组;糖转运;基因家族;鉴定;生物信息学;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
姜翠翠;方智振;周丹蓉;林炎娟;叶新福
作者机构：
福建省农业科学院果树研究所,福建省落叶果树工程技术研究中心,福州350013
文献出处：
引用格式：
[1]姜翠翠;方智振;周丹蓉;林炎娟;叶新福-.'芙蓉李'糖转运蛋白家族基因鉴定及表达分析)[J].园艺学报,2022(02):252-264
A类：
PF00083,PsINT4,PsSTP11,PsSFP5,PsTMT1
B类：
芙蓉李,白家,家族基因,基因鉴定,表达分析,Prunus,salicina,基因组数据,生物信息学分析,理化特性,亚细胞定位,系统进化树,质保,保守结构域,表达模式,系统发育分析,亚家族,质膜,液泡,转运体,果实发育,seq,表达谱分析,发育阶段,阶段差异,qRT,差异表达基因,蔗糖含量,肌醇,单糖转运蛋白,成熟过程,糖分积累,基因家族
AB值：
0.246443
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