典型文献
基于关键基因的结节病诊断标志物的信息学发现
文献摘要：
目的:通过对基因表达数据进行多步整合生物信息学分析来识别出可作为潜在结节病诊断标志物的关键基因.方法:从GEO数据库下载芯片数据(GSE42830,GSE83456,GSE42826),利用GEO2R软件筛选差异基因,通过DAVID数据库对差异基因进行GO和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库构建差异基因的蛋白-蛋白互作网络,Cytoscape筛选出关键基因.利用SVM模型和ROC曲线对关键基因在区分结节病样本和正常样本的性能上进行评估.结果:共筛选出294个差异表达基因,GO分析结果显示差异表达基因主要参与I型干扰素信号通路和T细胞受体V(D)J重组等生物学过程.利用Cytoscape共识别出17个关键基因,通过基于SVM的ROC感受性曲线分析,这17个基因对结节病样本和正常样本有很好的区分性能.结论:这17个关键基因能成为潜在的结节病诊断标志物.
文献关键词：
结节病;生物信息;差异表达基因;诊断
中图分类号：
作者姓名：
姚雨婷;贺洪鑫
作者机构：
苏州市第五人民医院呼吸科 江苏苏州 215000;苏州大学系统生物研究中心 江苏苏州 215000
文献出处：
引用格式：
[1]姚雨婷;贺洪鑫-.基于关键基因的结节病诊断标志物的信息学发现)[J].特别健康,2022(09):66-67
A类：
GSE42830,GSE83456,GSE42826
B类：
关键基因,结节病,诊断标志物,基因表达数据,多步,整合生物信息学,生物信息学分析,下载,GEO2R,差异基因,DAVID,通路富集分析,STRING,数据库构建,蛋白互作网络,Cytoscape,差异表达基因,干扰素信号通路,细胞受体,生物学过程,感受性,本有,区分性
AB值：
0.253075
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
