典型文献
利用生物信息学分析剪切因子QKI在胃腺癌中的表达及意义
文献摘要：
目的 利用生物信息学技术探讨胃腺癌(Stomach adenocarcinoma,STAD)预后相关的可变剪切(Alternative spli-cing,AS)事件,筛选预后相关的特异性剪切因子(Splicing factor,SF)QKI,为深入研究QKI在胃腺癌中的作用提供理论依据.方法 TCGA数据库下载STAD相关数据,R语言构建可变剪切事件与剪切因子调控网络(AS-SF调控网络),生存分析筛选STAD预后相关剪切因子,TCGA与GEO数据比较胃腺癌中癌组织与癌旁组织的表达差异;GEPIA网站获取相关基因,R语言进行功能注释;TIMER在线工具分析在胃腺癌中特异性剪切因子与免疫微环境的相关性.结果 通过构建AS-SF调控网络,筛选出胃腺癌中特异性剪切因子QKI,CELF2,SNRPN,BAG2O生存分析提示剪切因子QKI对胃腺癌患者的预后具有显著影响(P<0.05),QKI高表达组的胃腺癌患者总生存率更低.差异分析结果显示QKI在胃腺癌肿瘤组织的表达水平明显高于正常组织,QKI的表达与临床T分期有关.基因富集分析表明QKI主要富集在细胞周期等相关代谢通路.TIMER在线工具分析提示QKI的表达和拷贝数变异(Copy number variation,CNV)可以影响多种免疫细胞特别是巨噬细胞、树突细胞的免疫浸润.结论 胃腺癌中存在可变剪切网络,特异性剪切因子QKI在胃腺癌中高表达并与胃腺癌患者的不良预后相关.在胃腺癌免疫微环境(Tumor immune microenvironment,TIME)中QKI的表达和拷贝数变异能够影响免疫细胞的浸润.
文献关键词：
胃腺癌;可变剪切;剪切因子;免疫微环境;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
宋哲瑶;王星云;何子康;王欢;沈平;崔荣军
作者机构：
牡丹江医学院生物化学与分子生物学教研室;牡丹江心血管病医院检验科,黑龙江 牡丹江 157011
文献出处：
引用格式：
[1]宋哲瑶;王星云;何子康;王欢;沈平;崔荣军-.利用生物信息学分析剪切因子QKI在胃腺癌中的表达及意义)[J].牡丹江医学院学报,2022(06):41-45
A类：
spli,CELF2,BAG2O
B类：
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AB值：
0.258195
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