典型文献
基于加权基因共表达网络对胎儿生长受限发病机制的分析诊断标记物筛选
文献摘要：
目的 宫内生长受限(IUGR)发病原因复杂,其发生机制也受多因素影响.文中利用加权基因共表达网络(WGCNA)分析IUGR机制,并寻找可能的诊断标志物.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE100415和GSE12216数据集,利用WGCNA分析与IUGR相关的模块,对模块内的基因进行生物学功能(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和疾病本体论(DO)富集分析,并且联合蛋白相互作用(PPI)得出诊断标志物的候选基因.用ROC曲线对候选基因的预测能力进行探索.为进一步验证生物信息学结果,用PT-qPCR检测17例胎儿生长受限胎盘组织和16例正常胎盘组织中的候选基因的表达水平.结果 WGCNA共表达网络表明,blue模块与IUGR密切相关,通过筛选blue模块基因得到PKM、LDHA、HK2、PIK3CB、OCRL共5个候选基因.RT-qPCR结果提示胎儿生长受限胎盘组织中HK2、PIK3CB和OCRL的表达水平均显著低于正常胎盘组织(P<0.05).结论 通过WGCNA分析方法,筛选出与IUGR相关的枢纽模块,其中HK2、PIK3CB和OCRL可能作为潜在的诊断标记物.
文献关键词：
宫内生长受;加权基因共表达网络;数据挖掘;诊断标记物
中图分类号：
作者姓名：
巫裕花;徐彩玲;傅嘉慧;熊符;杨芳
作者机构：
510515 广州,南方医院妇产科;510000 广州,珠江医院妇产医学中心胎儿医学与产前诊断科;510000 广州,南方医科大学基础医学院医学遗传教研室
文献出处：
引用格式：
[1]巫裕花;徐彩玲;傅嘉慧;熊符;杨芳-.基于加权基因共表达网络对胎儿生长受限发病机制的分析诊断标记物筛选)[J].医学研究与战创伤救治,2022(01):51-57
A类：
GSE100415,GSE12216
B类：
加权基因共表达网络,胎儿生长受限,分析诊断,诊断标记物,宫内生长受限,IUGR,发病原因,发生机制,多因素影响,WGCNA,诊断标志物,基因表达综合数据库,GEO,下载,生物学功能,京都基因与基因组百科全书,疾病本体,本体论,DO,富集分析,蛋白相互作用,PPI,出诊,候选基因,预测能力,PT,qPCR,胎盘组织,blue,过筛,PKM,LDHA,HK2,PIK3CB,OCRL,低于正常
AB值：
0.266174
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