典型文献
基于GEO数据库的脑卒中相关靶点挖掘及与瓜子金皂苷己分子对接研究
文献摘要：
目的:基于GEO数据库挖掘脑缺血再灌注损伤(Cerebral ischemia-reperfusion inju-ry,CIRI)中的关键靶点,并通过分子对接探讨瓜子金皂苷己(Polygalasaponin F,PGSF)抗CIRI的作用机制.方法:选择GEO数据库中CIRI芯片,应用R语言分析芯片的矩阵文件,筛选表达差异靶点,对结果进行可视化处理;将差异显著的靶点进行蛋白-蛋白相互作用分析,构建网络并根据拓扑参数筛选关键靶点.采用AutoDock Tools软件对PGSF与上述关键靶点进行分子对接,计算结合能.结果:通过GEO数据库筛选出CIRI差异表达靶点137个,在蛋白-蛋白相互作用网络中筛选得到关键靶点为:白细胞介素6(Interleukin-6,IL-6)、基质金属蛋白酶9(Ma-trix Metallopeptidase 9,MMP9)、CC型趋化因子配体2(C-C motif chemokine 2,CCL2)、细胞间黏附分子1(Intercellular adhesion molecule,ICAM1)和前列腺素G/H合酶2(Prostaglandin G/H synthase 2,PTGS2),PGSF与关键靶点对接得分为:-8.8、-7.3、-8.9、-7.9、-9.4 Kj/mol,说明PGSF可能与关键靶点结合,且具有较强的亲和力.结论:PGSF抗CIRI的作用机制可能与调控IL-6、MMP9、CCL2、ICAM1和PTGS2发挥抗炎、抑制血脑屏障破坏和减轻脑水肿有关.
文献关键词：
基因表达综合数据库;脑缺血再灌注损伤;靶点;瓜子金皂苷己;分子对接
中图分类号：
作者姓名：
付旭阳;孙健淇;郭裕;杨淋斐;刘泽儒;贾晓山;孙玲;崔丽霞;石瑞丽
作者机构：
包头医学院生理学教研室,内蒙古 包头014040;内蒙古科技大学包头医学院第二附属医院;包头医学院乌兰察布临床医学院;内蒙古科技大学包头医学院图书馆;包头医学院神经科学研究所;内蒙古自治区低氧转化医学重点实验室
文献出处：
引用格式：
[1]付旭阳;孙健淇;郭裕;杨淋斐;刘泽儒;贾晓山;孙玲;崔丽霞;石瑞丽-.基于GEO数据库的脑卒中相关靶点挖掘及与瓜子金皂苷己分子对接研究)[J].包头医学院学报,2022(02):24-28
A类：
瓜子金皂苷己,Polygalasaponin,Metallopeptidase
B类：
GEO,脑卒中,分子对接,对接研究,脑缺血再灌注损伤,Cerebral,ischemia,reperfusion,inju,ry,CIRI,关键靶点,PGSF,语言分析,表达差异,可视化处理,相互作用分析,建网,拓扑参数,参数筛选,选关,AutoDock,Tools,结合能,差异表达,蛋白相互作用网络,选得,Interleukin,基质金属蛋白酶,Ma,trix,MMP9,趋化因子配体,motif,chemokine,CCL2,细胞间黏附分子,Intercellular,adhesion,molecule,ICAM1,前列腺素,Prostaglandin,synthase,PTGS2,接得,Kj,亲和力,血脑屏障,脑水肿,基因表达综合数据库
AB值：
0.339076
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