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基于GEO胃癌芯片数据的生物信息学分析
文献摘要：
目的 通过生物信息学分析方法挖掘胃癌的关键基因,并进行功能和信号通路分析,为胃癌发病机制及药物靶点提供理论基础.方法 从GEO中下载2组胃癌表达谱芯片数据,采用R软件筛选胃癌组织与正常胃组织差异表达基因,对差异表达基因作GO富集分析、KEGG通路分析、PPI网络分析,利用Cytoscape建立PPI互作模块.结果 经差异分析得到差异表达基因229个,其中上调基因96个,下调基因133个.GO富集分析结果显示,基因主要富集在糖胺聚糖结合、胶原结合、整合素结合、趋化因子活性、酶抑制剂活性、G蛋白偶联受体结合和磷脂酶抑制剂活性等分子功能和生物过程.KEGG信号通路结果显示,基因主要参与矿物质吸收、胰腺分泌物、疟疾、细胞周期及细胞外基质-受体相互作用等通路.基于String数据库型筛选出CDK1、CDC20、CDCA8、KIF2C、MELK和UBE2C 6个得分较高的关键基因,Cytoscape软件中的MCODE插件共筛选出2个显著模块,涉及基因主要富集在细胞周期和矿物质吸收过程.结论 本研究获取了 6个与胃癌发生、发展相关的关键基因,包括CDK1、CDC20、CDCA8、KIF2C、MELK和UBE2C.这些基因主要是参与细胞周期,在与胃癌相关的生物过程中发挥作用.
文献关键词：
胃癌;基因芯片;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
张良舜;叶桦
作者机构：
315000宁波,宁波市医疗中心李惠利医院
文献出处：
引用格式：
[1]张良舜;叶桦-.基于GEO胃癌芯片数据的生物信息学分析)[J].现代实用医学,2022(11):1409-1411,封2
A类：
B类：
GEO,生物信息学分析,关键基因,通路分析,药物靶点,下载,表达谱芯片,胃癌组织,胃组织,组织差异表达,差异表达基因,富集分析,PPI,Cytoscape,糖胺聚糖,整合素,趋化因子,酶抑制剂,偶联,磷脂酶,生物过程,矿物质,分泌物,疟疾,细胞周期,细胞外基质,String,CDK1,CDC20,CDCA8,KIF2C,MELK,UBE2C,MCODE,插件,收过,基因芯片
AB值：
0.331225
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