典型文献
不同阻滞阶段非梗阻性无精子症的生物信息学分析
文献摘要：
目的:利用生物信息学筛选不同阻滞阶段非梗阻性无精子症(NOA)相关的调控因子及其调控途径,为后续的功能研究提供依据.方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获得GSE45885的基因表达谱矩阵,筛选其中的正常样本以及不同阻滞阶段NOA样本,包括4例正常生精样本和20例NOA患者样本,20例NOA患者中有2例患者处于减数分裂前期阻滞阶段(PRE),7例处于减数分裂期阻滞阶段(MEI),11例处于减数分裂后期阻滞阶段(POST).将正常生精样本设置为对照组(CON),使用GEO2R在线工具鉴定正常生精样本与不同阻滞阶段NOA样本之间的差异基因,对GEO芯片中不同阻滞阶段的NOA数据整合归一化并进行矫正后取交集.对差异表达的基因以及其靶基因进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析,获取关键通路;基于在线工具(STRING)构建蛋白质相互作用(PPI)网络图.然后利用Cytoscape中的CytoHubba插件对枢纽基因进行筛选.结果:在PRE中筛选出463个上调基因,12个下调基因;在MEI和POST中分别发现2个和3个下调基因,无上调基因.PRE中上调基因通过一些重要途径,如精子发生、精子细胞发育、精子的运动、纤毛运动和微管形成等功能来调控生精过程.在上述的3个阻滞阶段NOA中筛选出2个共同差异基因,均为微小RNA(miRNA),2个miRNA有58个共同靶基因.利用在线生物信息学工具STRING成功构建PRE中上调基因的PPI网络图,并使用Cytoscape筛选出网络中前10个枢纽基因,包括DNAI1、DNAI2、PGK2、ROPN1L、ARMC4、DRC1、DNAAF3、CABYR、ZMYND10和CCDC65.结论:识别枢纽基因和共同差异基因及其通路为后续研究NOA的发生机制提供了有价值的参考,DRC1、ARMC4、MIR15A和MIR509-3可作为后续NOA发病机制研究的潜在靶点.
文献关键词：
无精子症;基因表达谱;非梗阻性无精子症;靶基因;功能富集分析
中图分类号：
作者姓名：
王万伦;刘桐佳;张婷;李硕;边艳超;肖瑞
作者机构：
010059 呼和浩特,内蒙古医科大学内蒙古自治区分子病理学重点实验室
文献出处：
引用格式：
[1]王万伦;刘桐佳;张婷;李硕;边艳超;肖瑞-.不同阻滞阶段非梗阻性无精子症的生物信息学分析)[J].国际生殖健康/计划生育杂志,2022(04):270-274,297
A类：
GSE45885,DNAI1,DNAI2,PGK2,ROPN1L,ARMC4,DRC1,DNAAF3,CABYR,ZMYND10,CCDC65,MIR15A,MIR509
B类：
非梗阻性无精子症,生物信息学分析,利用生物,NOA,调控因子,调控途径,功能研究,Expression,Omnibus,基因表达谱,谱矩,PRE,减数分裂期,MEI,POST,CON,GEO2R,工具鉴定,差异基因,数据整合,合归,交集,差异表达,靶基因,Ontology,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,STRING,蛋白质相互作用,PPI,网络图,Cytoscape,CytoHubba,插件,枢纽基因,无上,精子发生,精子细胞,细胞发育,纤毛,微管,能来,miRNA,生物信息学工具,发生机制,潜在靶点,功能富集分析
AB值：
0.249794
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