典型文献
基于生物信息学技术的非梗阻性无精子症关键microRNAs和基因的研究
文献摘要：
目的 应用生物信息学方法研究非梗阻性无精子症(NOA)的关键微小RNA(microRNAs,miRNAs)和差异表达基因,为非梗阻性无精子症的病因分析提供新的思路.方法 在PubMed、Embase和Web of Science中筛选、提取并整合文献报道的NOA相关的miRNAs,并利用联川生物云平台预测靶基因.检索NCBIGEO数据库中的非梗阻性无精子症基因芯片数据,获得GSE145467和GSE108886数据集并进行GEO2R在线分析,得出NOA相关的差异表达基因,并与预测的靶基因取交集获得最终的差异表达基因.运用DAVID对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析,应用STRING构建差异表达基因相关的蛋白质互作网络.结果 共检索到5条差异表达miRNAs,其中上调表达1条为miR-10b-5p,下调表达4条分别为miR-34b-5p、miR-34b-3p、miR-34c-5p和miR-449a.共得出最终差异表达基因868个,其中上调基因776个,下调基因92个.GO富集结果显示,差异基因参与的生物过程(BP)主要包括纤毛组装、精子轴丝组装、纤毛依赖性细胞运动、顶体组装、精子发生、细胞蛋白质代谢过程等;细胞组成(CC)主要包括活动纤毛、轴丝、精子鞭毛、中心粒等;分子功能(MF)主要包括蛋白质结合、纤毛蛋白轻链的结合和蛋白质稳定化等.KEGG相关通路涉及卵巢类固醇激素生成、多个物种长寿调控途径、扩张型心肌病、内分泌抵抗、孕酮介导的卵母细胞成熟等.通过cytoscape分析前20位的hub基因分别为TEKT3、EFHC1、DYNLL2、DNAH2、CETN1、SPATA7、ASRGL1、CCDC146、PLCZ1、SPAG16、DNAL1、EFCAB11、SPA4L、LIN7A、TEKT1、FXR1、RPGRIP1、DPY19L2、DDX25、ZC3H14.结论 本研究鉴定的miRNAs、hub基因和相关通路,在精子发生过程中发挥着重要的作用,可为后续拓展研究NOA的病因机制提供参考靶点.
文献关键词：
非梗阻性无精子症;生物信息学;microRNA;基因
中图分类号：
作者姓名：
赵铭佳;郭剑;耿女;苏兴;李翠;姚雨宏;晏红伟;韩宝生;刘美玲;卢文红;谷翊群
作者机构：
唐山市妇幼保健院生殖遗传科,唐山 063000;北京协和医学院研究生院,北京 100730;国家卫生健康委科学技术研究所男性生殖健康重点实验室,北京 100081
文献出处：
引用格式：
[1]赵铭佳;郭剑;耿女;苏兴;李翠;姚雨宏;晏红伟;韩宝生;刘美玲;卢文红;谷翊群-.基于生物信息学技术的非梗阻性无精子症关键microRNAs和基因的研究)[J].生殖医学杂志,2022(09):1273-1281
A类：
NCBIGEO,GSE145467,GSE108886,TEKT3,EFHC1,DYNLL2,DNAH2,CETN1,SPATA7,ASRGL1,CCDC146,PLCZ1,SPAG16,DNAL1,EFCAB11,SPA4L,LIN7A,TEKT1,RPGRIP1,DPY19L2,DDX25,ZC3H14
B类：
生物信息学技术,非梗阻性无精子症,microRNAs,生物信息学方法,NOA,miRNAs,差异表达基因,病因分析,Embase,靶基因,基因芯片,GEO2R,在线分析,交集,DAVID,通路分析,STRING,蛋白质互作网络,10b,5p,34b,3p,34c,449a,集结,差异基因,生物过程,轴丝,细胞运动,精子发生,蛋白质代谢,代谢过程,细胞组成,动纤毛,精子鞭毛,中心粒,MF,蛋白质结合,毛蛋,轻链,稳定化,相关通路,类固醇激素,长寿,调控途径,扩张型心肌病,孕酮,卵母细胞成熟,cytoscape,分析前,hub,FXR1,拓展研究,病因机制
AB值：
0.250681
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