典型文献
基于TCGA和Oncomine数据库子宫内膜癌生物信息学分析
文献摘要：
目的 通过TCGA和Oncomine数据库对子宫内膜癌进行生物信息学分析,深入挖掘子宫内膜癌发生关键基因.方法 从TCGA数据库中下载子宫内膜癌转录组数据,利用R软件对子宫内膜癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,进一步通过在线生物信息学工具对差异表达基因进行功能富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件对PPI网络进行筛选获取Hub基因.进一步在Oncomine数据库进行meta分析,获取关键基因.结果 共挖掘子宫内膜癌差异表达基因1897个,其中上调1085个,下调812个,进一步对其进行功能富集分析,通过在线生物信息学工具构建PPI网络,前10位Hub基因,分别是CDC20、CCNB1、BUB1、CCNB2、DLGAP5、TPX2、NCAPG、NCAPH、CENPF和CDCA8.通过Oncomine数据库对Hub基因进行meta分析,最终获得5个关键基因分别是BUB1、TPX2、NCAPH、CENPF和CDCA8.结论 基于TCGA和Oncomine数据库,获取子宫内膜癌关键基因,将为子宫内膜癌诊断、治疗及预后的研究提供新的思路.
文献关键词：
TCGA数据库;Oncomine数据库;子宫内膜癌;生物信息学分析;关键基因
中图分类号：
作者姓名：
段红桃;潘勇
作者机构：
中南大学湘雅医学院附属株洲医院超声科,湖南株洲 412007
文献出处：
引用格式：
[1]段红桃;潘勇-.基于TCGA和Oncomine数据库子宫内膜癌生物信息学分析)[J].中国医药导报,2022(06):16-20
A类：
B类：
TCGA,Oncomine,库子,子宫内膜癌,生物信息学分析,对子,关键基因,下载,转录组数据,癌旁,正常组织,差异表达基因,生物信息学工具,功能富集分析,蛋白质相互作用,PPI,Cytoscape,Hub,meta,CDC20,CCNB1,BUB1,CCNB2,DLGAP5,TPX2,NCAPG,NCAPH,CENPF,CDCA8,治疗及预后
AB值：
0.268382
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