典型文献
人口腔鳞癌差异表达谱的全基因组分析
文献摘要：
目的 口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)及正常组织的差异表达谱进行全基因组分析.方法 采用全基因组表达谱芯片检测3例OSCC及正常组织的转录本,确定OSCC的lncRNA和mRNA差异表达谱.通过构建差异表达基因的lncRNA-mRNA共表达网络,挖掘网络节点基因.利用GO及KEGG富集分析,探究差异表达lncRNA潜在的生物学功能.通过cis和trans调控角度,预测差异表达lncRNA潜在的靶基因.选取部分差异表达lncRNA,进行qRT-PCR验证.结果 芯片筛选出差异表达lncRNA 2294条和mRNA 1938条;lncRNA TMPRSS11BNL、lnc-WRN-10:1是共表达网络的节点基因;GO分析显示,差异表达mRNA富集度的前三GO term是interleukin-1 binding、response to interferon-alpha和establishment of epithelial cell apical/basal polarity;KEGG分析显示,差异表达mRNA主要富集在38种生物学途径,包括许多癌症相关通路;靶基因预测表明,1470条差异表达lncRNA具有cis或trans调控靶基因的潜能;qRT-PCR验证与芯片结果相一致.结论 lncRNA在OSCC与正常组织中具有差异表达,节点lncRNA是OSCC发病的潜在关键基因.
文献关键词：
口腔鳞癌;长链非编码RNA;共表达网络;富集
中图分类号：
作者姓名：
刘远航;张丽茹;仇永乐;刘昕;路月亭;胡燕
作者机构：
050000 河北省石家庄市第二医院口腔科;河北医科大学第四医院口腔科;河北大学附属医院口腔科
文献出处：
引用格式：
[1]刘远航;张丽茹;仇永乐;刘昕;路月亭;胡燕-.人口腔鳞癌差异表达谱的全基因组分析)[J].河北医药,2022(09):1291-1296
A类：
TMPRSS11BNL
B类：
口腔鳞癌,全基因组分析,oral,squamous,cell,carcinoma,OSCC,正常组织,表达谱芯片,芯片检测,转录本,lncRNA,差异表达基因,共表达网络,网络节点,节点基因,富集分析,生物学功能,cis,trans,qRT,出差,WRN,富集度,term,interleukin,binding,response,interferon,alpha,establishment,epithelial,apical,basal,polarity,生物学途径,相关通路,靶基因预测,调控靶基因,相一致,关键基因,长链非编码
AB值：
0.350494
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