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基于TCGA分析GALNT14在肾透明细胞癌中的表达及预后意义
文献摘要：
本研究拟探索N-acetylgalactosaminyltransferase 14(GALNT14)的表达水平对肾透明细胞癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma,KIRC)的临床预后意义及其在疾病进展中的功能.从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库获取肾透明细胞癌的临床信息和相应的mRNA表达数据,使用R语言进行差异表达分析和配对差异表达分析,检测GALNT14在肾透明细胞癌的表达;通过Logistic回归分析、Kaplan-Meier生存分析和COX回归分析探究GALNT14的表达量与肾透明细胞癌临床特征的相关性;从STRING数据库中获得GALNT14相互作用的蛋白质,通过Linkedomics和GeneMANIA数据库分析GALNT14的蛋白质-蛋白质相互关系;通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探索GALNT14在肾透明细胞癌中介导的生物信号通路.结果表明,肾透明细胞癌组织中GALNT14的mRNA相对表达量显著高于癌旁组织;肾透明细胞癌GALNT14的高表达与肿瘤原发灶大小、Tumor Node Metastasis(TNM)分期、患者年龄、组织分级显著相关;肾透明细胞癌患者GALNT14的高表达与患者总生存率(Overall Survival,OS)正相关,与无病生存率(Disease Free Survival,DFS)负相关;GALNT14可作为肾透明细胞癌患者的独立预后因子;GALNT14的共调控基因与肾透明细胞癌关系密切;GALNT14的高表达与肿瘤细胞中氨基酸代谢、脂肪酸代谢和糖代谢等信号通路相关.因此,GALNT14在肾透明细胞癌中高表达且与患者预后相关,可作为该疾病的独立预后因子.
文献关键词：
肾透明细胞癌;GALNT14;生物信息学;表达分析;预后因子
中图分类号：
作者姓名：
韦玉琴;吴帆;张胜锋;谭炎林;臧宁;晁耐霞;吴群英;周青鸟
作者机构：
广西医科大学基础医学院,广西南宁 530021;广西医科大学,广西高等学校生物分子医学研究重点实验室,广西南宁530021;广西医科大学基础医学院,生物化学与分子生物学教研室,广西南宁 530021
文献出处：
引用格式：
[1]韦玉琴;吴帆;张胜锋;谭炎林;臧宁;晁耐霞;吴群英;周青鸟-.基于TCGA分析GALNT14在肾透明细胞癌中的表达及预后意义)[J].广西科学,2022(06):1111-1124
A类：
GALNT14,acetylgalactosaminyltransferase,Linkedomics
B类：
TCGA,肾透明细胞癌,预后意义,Kidney,Renal,Clear,Cell,Carcinoma,KIRC,临床预后,疾病进展,Cancer,Genome,Atlas,临床信息,差异表达分析,Kaplan,Meier,生存分析,COX,分析探究,STRING,GeneMANIA,数据库分析,基因集富集分析,Set,Enrichment,Analysis,GSEA,癌组织,相对表达量,癌旁组织,原发灶,Tumor,Node,Metastasis,TNM,患者年龄,总生存率,Overall,Survival,OS,无病生存率,Disease,Free,DFS,预后因子,调控基因,肿瘤细胞,氨基酸代谢,脂肪酸代谢,糖代谢
AB值：
0.261897
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