典型文献
铜绿假单胞菌生物被膜基因表达生物信息学研究
文献摘要：
目的 通过生物信息学探究铜绿假单胞菌生物被膜形成的差异表达基因及可能作用机制.方法 通过GEO数据库筛选获得铜绿假单胞菌生物被膜数据芯片GSE120760,GEO2R工具筛选出铜绿假单胞菌浮游状态和生物被膜状态的差异表达基因;差异表达基因通过String数据库和Cytoscape3.7.1软件中构建靶点PPI网络图,并在DAVID和KOBAS数据库中对差异表达基因进行GO生物富集和KEGG通路分析.用铜绿假单胞菌体外生物被膜模型测定5种氨基酸(D/L型)的抗生物被膜作用效果.结果 由芯片GSE120760筛选得到556个差异表达基因,其中上调基因143个,下调基因413个;从差异表达基因中筛选到62个关键基因,这些基因主要与30S和50S核糖体蛋白相关;GO功能富集得到40个条目;KEGG富集到44条通路,主要涉及代谢途径、次生代谢产物的生物合成、氨基酸生物合成通路、多种氨基酸代谢、群体感应、氨酰tRNA生物合成通路等;体外验证试验中,D-氨基酸对铜绿假单胞菌生物被膜有抑制作用,而L-氨基酸对其形成无影响.结论 通过生物信息学挖掘出铜绿假单胞菌生物被膜形成的关键基因与靶点,并与代谢途径、氨基酸合成和代谢、群体感应、氨酰tRNA生物合成通路等相关,为铜绿假单胞菌生物被膜的靶向抗感染药物的研发提供思路.
文献关键词：
铜绿假单胞菌;生物被膜;生物信息学;差异表达基因;D-氨基酸;L-氨基酸
中图分类号：
作者姓名：
廖黎;鲁兰;杨晨;刘昆;赵玉婷
作者机构：
抗生素研究与再评价四川省重点实验室,四川抗菌素工业研究所,药学院,成都大学,成都610106
文献出处：
引用格式：
[1]廖黎;鲁兰;杨晨;刘昆;赵玉婷-.铜绿假单胞菌生物被膜基因表达生物信息学研究)[J].中国抗生素杂志,2022(10):1084-1090
A类：
GSE120760
B类：
铜绿假单胞菌,达生,生物信息学研究,生物被膜形成,差异表达基因,GEO2R,浮游,膜状,String,Cytoscape3,PPI,网络图,DAVID,KOBAS,生物富集,通路分析,菌体,抗生物被膜,选得,关键基因,30S,50S,核糖体蛋白,白相,功能富集,条目,代谢途径,次生代谢产物,生物合成通路,氨基酸代谢,群体感应,tRNA,验证试验,挖掘出,氨基酸合成,抗感染药物
AB值：
0.230876
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