典型文献
基于GEO数据库良性前列腺增生症患者基因芯片数据的生物信息学分析
文献摘要：
目的 通过生物信息学方法探讨GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中良性前列腺增生的差异表达基因及相关信号通路.方法 通过GEO数据库检索筛得包含5例人源前列腺增生组织与3例正常人前列腺组织的基因芯片数据集(GSE119195).采用R程序工具矫正性前列腺增生组织与正常前列腺组织的基因表达量并筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行可视化处理.通过clusterProfiler包对DEGs进行基因功能注释(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析、基因集富集分析(GSEA),利用STRING数据库构建蛋白质蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape软件及Cytohubb及MCODE插件筛选出核心基因.结果 通过limma包共获得186个差异基因,其中在良性前列腺增生症(BPH)组上调基因有64个,下调基因有122个.GO富集分析表明DEGs主要参与了平滑肌细胞增殖、转化生长因子β应答、细胞外基质、腺体受体激活、信号通路受体活化体活性等.KEGG信号通路富集分析主要包括了MAPK信号通路、肾素分泌、EGFR酪氨酸激酶抑制剂抵抗、PPAR信号通路等.GSEA分析得到生物通路主要包括了上皮细胞间质转化信号通路、MTORC1信号通路、脂肪酸新陈代谢(fatty acid metabolism)、氧化磷酸化等信号通路.PPI分析筛选获得10个枢纽基因,分别为FABP3、IGF1、MYL1、TTN、NEB、JUN、LPL、CD36、FABP4、DMD.结论 基于GEO数据库的生物信息学分析进行多维度的富集分析以及构建的蛋白互作网络,BPH涉及的差异表达基因、生物过程及富集信号通路,筛选出的靶基因可能成为治疗BPH的潜在分子靶点.
文献关键词：
前列腺增生;基因;计算生物学
中图分类号：
作者姓名：
叶妙勇;黄文杰;杨荣超;温瞿华;张春和;赵凡
作者机构：
温州医科大学附属温岭医院泌尿外科 浙江 温岭317500;浙江大学医学院附属第二医院泌尿外科 浙江 杭州310017;云南省中医医院/云南中医药大学第一附属医院男科 云南 昆明650000;南通大学附属医院泌尿外科 江苏 南通226001
文献出处：
引用格式：
[1]叶妙勇;黄文杰;杨荣超;温瞿华;张春和;赵凡-.基于GEO数据库良性前列腺增生症患者基因芯片数据的生物信息学分析)[J].中国男科学杂志,2022(06):60-67,93
A类：
GSE119195,Cytohubb,MTORC1
B类：
GEO,良性前列腺增生症,基因芯片,生物信息学分析,生物信息学方法,Gene,Expression,Omnibus,差异表达基因,数据库检索,正常人,前列腺组织,正性,基因表达量,differentially,expressed,genes,DEGs,可视化处理,clusterProfiler,基因功能注释,京都基因与基因组百科全书,通路富集分析,基因集富集分析,GSEA,STRING,数据库构建,蛋白质相互作用,PPI,Cytoscape,MCODE,插件,核心基因,limma,共获,差异基因,BPH,平滑肌细胞,转化生长因子,细胞外基质,腺体,信号通路富集,MAPK,肾素,EGFR,酪氨酸激酶抑制剂,PPAR,生物通路,上皮细胞间质转化,新陈代谢,fatty,acid,metabolism,氧化磷酸化,枢纽基因,FABP3,IGF1,MYL1,TTN,NEB,JUN,LPL,CD36,FABP4,DMD,蛋白互作网络,生物过程,靶基因,分子靶点,计算生物学
AB值：
0.35245
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
