典型文献
基于网络药理学结合GEO数据库多芯片分析法探讨糖痹外洗方治疗糖尿病足的作用机制
文献摘要:
目的 基于网络药理学结合GEO数据库多芯片研究糖痹外洗方治疗糖尿病足相关疾病的潜在治疗靶点及可能作用机制.方法 采用TCMSP、TCMIP、TCMID、HERB数据库筛选糖痹外洗方化学成分及作用靶点.在GEO数据库中检索糖尿病足及相关疾病差异表达基因,汇总得到糖尿病足靶点.使用微生信在线作图平台对疾病靶点和化学成分靶点取交集,并构建交集靶点蛋白互相作用(PPI)网络.采用Metascape平台工具对交集靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析.根据分析结果,选取度值排名靠前的化合物和蛋白,使用AutoDock Vina进行分子对接.结果 共得到糖痹外洗方活性成分99个,成分靶点427个,糖尿病足靶点2217个,交集靶点64个.关键靶点蛋白主要有表皮生长因子受体(EGFR)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、环加氧酶2(PTGS2)、Janus激酶2(JAK2)、基质金属蛋白酶1(MMP1)等,关键成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等.GO功能富集分析得到665个生物过程、30个细胞组分、80个分子功能.KEGG通路富集分析共得到100条通路信息,主要有脂质与动脉粥样硬化通路、Janus激酶-信号传导及转录激活因子1(JAK-STAT)信号通路、磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物/AGEs受体(AGE-RAGE)信号通路、核因子-κB(NF-κB)通路等.分子对接结果显示,地奥司明、鞣花酸、木犀草素、杨梅素和槲皮素与EGFR、JAK2、MMP1等关键靶点有较好的结合能力.结论 糖痹外洗方具有多成分、多靶点等特点,其可能主要作用于糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化通路和JAK-STAT信号通路等的多个关键靶点,从而发挥治疗糖尿病足相关疾病的效果.
文献关键词:
糖痹外洗方;糖尿病足;GEO数据库;网络药理学;分子对接;鞣花酸;木犀草素;杨梅素;槲皮素
中图分类号:
作者姓名:
宁遵锡;刘鹏宇;杨宇;魏秀岩;高慧媛
作者机构:
沈阳药科大学 中药学院,辽宁 沈阳 110016;沈阳药科大学 生命科学与生物制药学院,辽宁 沈阳 110016
文献出处:
引用格式:
[1]宁遵锡;刘鹏宇;杨宇;魏秀岩;高慧媛-.基于网络药理学结合GEO数据库多芯片分析法探讨糖痹外洗方治疗糖尿病足的作用机制)[J].现代药物与临床,2022(09):1975-1986
A类:
糖痹外洗方
B类:
网络药理学,GEO,多芯,糖尿病足,相关疾病,潜在治疗,治疗靶点,TCMSP,TCMIP,TCMID,HERB,方化,作用靶点,差异表达基因,总得,生信,作图,建交,交集靶点,靶点蛋白,PPI,Metascape,基因本体,京都基因与基因组百科全书,通路分析,AutoDock,Vina,分子对接,活性成分,关键靶点,表皮生长因子受体,EGFR,过氧化物酶体增殖物激活受体,PPARG,环加氧酶,PTGS2,Janus,JAK2,基质金属蛋白酶,MMP1,关键成分,槲皮素,山柰酚,木犀草素,功能富集分析,生物过程,通路富集分析,动脉粥样硬化,信号传导,转录激活因子,STAT,磷脂酰肌醇,PI3K,蛋白激酶,Akt,糖尿病并发症,晚期糖基化终末产物,AGEs,RAGE,核因子,地奥司明,鞣花酸,杨梅素,结合能,多成分,多靶点
AB值:
0.271822
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