典型文献
基于生物信息学和网络药理学探究鸦胆子治疗脑胶质瘤的作用机制
文献摘要：
目的:运用生物信息学和网络药理学的方法探究鸦胆子治疗脑胶质瘤(glioblastoma,GBM)的分子机制.方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)及文献检索获取鸦胆子的活性成分,并预测活性成分的相关作用靶点.通过基因表达谱交互分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)数据库检索并筛选GBM相关靶点,与鸦胆子成分靶点互相映射,获得交集靶点.将GBM差异表达基因靶点导入String数据库获得蛋白互作关系,并采用Cytoscape软件绘制蛋白互作网络,采用Cytobba和MCODE插件筛选核心基因和蛋白互作关系重要模块,通过GEPIA数据库对核心基因进行生存分析.采用Cytoscape3.6.1软件构建"活性成分-作用靶点"网络图.采用DAVID数据库对GBM差异表达基因进行基因本体(gene ontology,GO)生物功能富集分析与京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析.结果:通过TCMSP及文献检索得到鸦胆子的潜在活性成分23个,相关靶点129个.在GEPIA数据库中筛选到GBM差异表达基因247个,其中上调基因113个,下调基因134个,与鸦胆子活性成分相关靶点进行映射后获得6个交集靶点,即为鸦胆子治疗脑胶质瘤的潜在作用靶点,分别是MMP2、HMOX1、BIRC5、EGFR、CCNB2和TOP2A.运用Cytoscape软件构建"活性成分-作用靶点"网络发现β-谷甾醇(beta-sitosterol)和木犀草素(luteolin)2个活性成分和5个作用靶点,且作用靶点主要集中在β-谷甾醇上.KEGG通路富集分析发现GBM差异表达基因主要涉及金葡菌感染、吞噬小体形成、结核病和系统性红斑狼疮等感染性和自身免疫性疾病相关信号通路等信号通路.GO富集分析发现GBM差异表达基因主要涉及经MHCⅡ类分子参与的外源性抗原肽和多糖抗原的加工和提呈、γ干扰素介导的信号通路、细胞外基质的组成和化学突触传递等生物学过程;涉及细胞连接、轴突终末扣、细胞外隙、内吞作用的囊泡膜和MHCⅡ类蛋白复合物等细胞组分;涉及钙离子介导的离子蛋白结合、MHCⅡ类分子受体活性、免疫球蛋白结合和磷脂酶抑制剂活性等分子功能.运用GEPIA对degree值排名靠前的37个核心靶点进行生存分析,共得到5个与GBM预后相关的基因,其中FN1、MMP2在癌症患者中高表达,GABRD、RBFOX1、SLC6A7在癌症患者中低表达.结论:GBM的发病与人体免疫系统密切相关,β-谷甾醇和木犀草素可能是鸦胆子治疗GBM和改善预后的主要物质基础,其分子作用机制可能与破坏肿瘤细胞基质分子形成的物理屏障和参与肿瘤的免疫应答.
文献关键词：
鸦胆子;脑胶质瘤;生物信息学;网络药理学;作用机制
中图分类号：
作者姓名：
赵雯宇;司富春
作者机构：
河南中医药大学中医学院,河南 郑州;河南中医药大学中医药科学院,河南 郑州
文献出处：
引用格式：
[1]赵雯宇;司富春-.基于生物信息学和网络药理学探究鸦胆子治疗脑胶质瘤的作用机制)[J].中医学报（英文）,2022(02):67-76,后插3-后插4
A类：
Cytobba,GABRD,RBFOX1,SLC6A7
B类：
网络药理学,鸦胆子,脑胶质瘤,方法探究,glioblastoma,GBM,系统药理学,分析平台,traditional,Chinese,medicine,systems,pharmacology,database,analysis,platform,TCMSP,文献检索,活性成分,作用靶点,基因表达谱,交互分析,expression,profiling,interactive,GEPIA,数据库检索,子成分,相映,交集靶点,差异表达基因,基因靶点,String,互作关系,蛋白互作网络,MCODE,插件,核心基因,生存分析,Cytoscape3,软件构建,网络图,DAVID,基因本体,ontology,生物功能,功能富集分析,京都基因和基因组百科全书,kyoto,encyclopedia,genes,genomes,信号通路富集,通路富集分析,即为,潜在作用,MMP2,HMOX1,BIRC5,EGFR,CCNB2,TOP2A,网络发现,谷甾醇,beta,sitosterol,木犀草素,luteolin,吞噬,小体,结核病,系统性红斑狼疮,感染性,自身免疫性疾病,疾病相关,MHC,外源性,干扰素,细胞外基质,化学突触传递,生物学过程,细胞连接,轴突,终末,内吞,囊泡,复合物,钙离子,蛋白结合,免疫球蛋白,磷脂酶,酶抑制剂,degree,核心靶点,FN1,癌症患者,低表达,人体免疫,免疫系统,醇和,主要物质基础,分子作用机制,肿瘤细胞,物理屏障,免疫应答
AB值：
0.338795
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