典型文献
基于转录组测序挖掘甜荞自交不亲和相关功能基因
文献摘要：
普通甜荞属于花柱异长型自交不亲和1年生草本作物,营养价值丰富.为了探明甜荞育性和花型发育的重要功能途径和关键基因,以自交不亲和普通甜荞乌克兰大粒荞和自交亲和甜荞品种甜自21为材料,分别对盛花期的甜自21等柱花,乌克兰大粒荞长柱花和短柱花雌雄蕊进行转录组测序,获得283170条平均长度为1351 bp,N50为2040 bp的Unigenes,其中有68813条差异表达基因(DEGs).GO功能富集分析显示,自交不亲和甜荞中长、短柱花雌雄蕊中的差异基因主要富集在导管形成和导管发育过程中;KEGG代谢通路分析显示,自交不亲和甜荞(S-型和L-型)与自交亲和甜荞(H-型)雌雄蕊中差异基因主要富集在倍半萜和三萜化合物合成途径中;自交不亲和甜荞长、短柱花雌雄蕊中差异基因(L vs S)主要富集在植物激素信号转导途径中.倍半萜和三萜化合物合成途径共富集到77个差异基因,其中三萜化合物合成途径基因在自交不亲和甜荞中下调表达,倍半萜化合物合成途径基因以上调表达为主.植物激素信号转导途径中,与自交亲和型等柱花雌雄蕊比较,生长素、茉莉酸和赤霉素信号通路中的差异表达基因在自交不亲和型长、短柱花雌雄蕊中均高表达.通过qRT-PCR对15个自交亲和性相关差异表达基因进行分析,结果表明:其表达趋势与转录组结果一致,AGL80和PG在短柱花雌雄蕊中高表达,长柱花雌雄蕊中低表达,可能与自交不亲和甜荞长、短柱花发育有关.锌指蛋白基因CCCH,转录因子ARF,MYC,SP11,SUI1与甜荞育性发育相关.该文比较分析了不同花型甜荞雌雄蕊转录组测序结果,获得大量Unigenes数据及差异表达基因的相关信息,发现了导管形成与发育对自交不亲和甜荞花柱发育具有重要影响,明确了萜类化合物、植物激素和转录因子对甜荞育性发育具有重要作用.
文献关键词：
甜荞;雌雄蕊;RNA-Seq;自交亲和性;花柱发育
中图分类号：
作者姓名：
张建;黄科慧;刘洋;唐恬;吴银环;王于栋;陶建波;王艺钢;姜澳华;刘佳琦;方小梅;易泽林
作者机构：
西南大学农学与生物科技学院/重庆市荞麦产业创新团队,重庆 400715;甘肃省古浪县防沙治沙技术推广中心,甘肃古浪 733100
文献出处：
引用格式：
[1]张建;黄科慧;刘洋;唐恬;吴银环;王于栋;陶建波;王艺钢;姜澳华;刘佳琦;方小梅;易泽林-.基于转录组测序挖掘甜荞自交不亲和相关功能基因)[J].西南大学学报（自然科学版）,2022(11):99-113
A类：
花柱异长,AGL80,SP11,SUI1,花柱发育
B类：
转录组测序,甜荞,自交不亲和,相关功能,功能基因,长型,生草,草本,营养价值,育性,花型,重要功能,关键基因,乌克兰,兰大,大粒,盛花期,长柱,短柱,雌雄蕊,平均长度,bp,N50,Unigenes,差异表达基因,DEGs,功能富集分析,差异基因,代谢通路分析,倍半萜,三萜化合物,合成途径,植物激素,激素信号,信号转导途径,共富集,生长素,茉莉酸,赤霉素,qRT,自交亲和性,PG,低表达,花发育,锌指蛋白,CCCH,ARF,MYC,性发育,同花,萜类化合物,Seq
AB值：
0.210111
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