环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成.相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态.理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性.但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染.为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g),DNA洗脱法(2 g),RNA直接提取法(2 g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录.研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍.相同样本量下,DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少.就群落构成而言,DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成.综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息.

eDNA;eRNA;DNA/RNA提取;纤毛虫;分子多样性

李龙召;黄平平;徐奎栋;赵峰

中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室,山东青岛266071;中国科学院大学,北京100049;山东省生物物理重点实验室,德州学院生物物理研究院,山东德州253023;中国科学院海洋大科学研究中心,山东 青岛266071

海洋科学

[1]李龙召;黄平平;徐奎栋;赵峰-.DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响)[J].海洋科学,2022(07):52-60

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