典型文献
广西水稻地方品种核心种质芽期耐盐性全基因组关联分析
文献摘要：
水稻属盐敏感的作物,盐胁迫会导致产量显著减少.我国盐渍地总面积大,并且呈迅速增长趋势,因此,筛选水稻耐盐种质,培育耐盐水稻品种十分必要.本研究在1.5％NaCl盐胁迫条件下评价419份广西水稻地方品种核心种质种子芽期的相对盐害率,并利用全基因组关联分析鉴定耐盐位点.研究结果表明:盐胁迫下,种子芽期平均发芽率为57.67％,显著低于对照92.55％,且夏皮罗-威尔克检验(0.9301)不符合正态分布.基于208,993个SNP标记,将419份核心种质资源分为6个亚群,利用一般线性模型(general linear model,GLM)和混合线性模型(mixed linear model,MLM)分析分别获得129个和1个显著关联SNP,分布在1号、2号、3号、4号、5号、6号、8号、9号和12号染色体上.在14个与水稻耐盐性显著关联区域,有13个区域与前人定位或克隆的耐盐基因重叠.显著关联区域Chr.8:10,564,948～10,733,175为首次报道,命名为qGR8.qGR8区域内含有53个基因,其中34个经转录组数据比对获得表达谱,比对结果推测LOC_Os08g17370为候选基因,该基因为跨膜9超家族成员,在耐盐亲本的根部和叶部上调表达,可能为qGR8区域内水稻芽期耐盐的新基因.这些研究结果为耐盐新基因的克隆奠定基础,为培育耐盐水稻品种提供新的基因资源.
文献关键词：
水稻;核心种质;芽期;耐盐;全基因组关联分析
中图分类号：
作者姓名：
夏秀忠;张宗琼;杨行海;荘洁;曾宇;邓国富;宋国显;黄欲晓;农保选;李丹婷
作者机构：
广西农业科学院水稻研究所 / 广西水稻遗传育种重点实验室, 广西南宁 530007;广西农业科学院, 广西南宁 530007;钦州市农业科学研究所, 广西钦州 535000
文献出处：
引用格式：
[1]夏秀忠;张宗琼;杨行海;荘洁;曾宇;邓国富;宋国显;黄欲晓;农保选;李丹婷-.广西水稻地方品种核心种质芽期耐盐性全基因组关联分析)[J].作物学报,2022(08):2007-2015
A类：
qGR8,Os08g17370
B类：
西水,稻地,地方品种,核心种质,芽期,耐盐性,全基因组关联分析,盐敏感,盐胁迫,盐渍,总面积,盐种,耐盐水稻,水稻品种,NaCl,胁迫条件,相对盐害率,分析鉴定,发芽率,夏皮罗,威尔,尔克,正态分布,SNP,种质资源,亚群,一般线性模型,general,linear,model,GLM,混合线性模型,mixed,MLM,关联区域,人定,耐盐基因,Chr,首次报道,转录组数据,数据比对,表达谱,LOC,候选基因,超家族,亲本,根部,稻芽,新基因,基因资源
AB值：
0.361921
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