典型文献
基于TMT技术对低氧与常氧条件下耗牛PASMCs的蛋白组学分析
文献摘要：
旨在利用串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)技术对牦牛肺动脉平滑肌细胞(pulmonary arterial smooth muscle cells,PASMCs)在低氧和常氧不同培养条件下的蛋白组学进行差异表达蛋白(differentially ex-pressed proteins,DEPs)分析,进而了解高原牦牛PASMCs的DEPs.本试验采用贴壁培养法培养PASMCs,分别在低氧与常氧条件下培养72 h,然后收集细胞,提取两组细胞的总蛋白,利用TMT标记蛋白定量技术筛选DEPs进行分析,并进行GO功能注释和KEGG通路分析.在比较低氧和常氧下PASMCs的2组蛋白样品中共获得6 859个蛋白,以FC(fold change)≥1.3或≤0.78,且P＜0.05条件进行筛选,获得DEPs共531个,其中上调DEPs有186个,下调DEPs有345个.富集分析结果表明,DEPs主要富集在中枢碳代谢、糖酵解与糖代谢合成、HIF-1信号通路、次生代谢产物的生物合成等低氧适应相关通路中.在这些通路中发现其中有7个重要的DEPs(PGK、HK、LDH、PGAM、pfkA、IL6ST、PDK1).亚细胞定位中质膜(28.9％)所占比例最高.结构域分析中主要以表皮生长因子样结构域为主.结果表明,DEPs分别富集在代谢、酶活性、低氧适应性等相关类别与通路中,并发现7个重要的DEPs(PGK、HK、LDH、PGAM、pfkA、IL6ST、PDK1)可能与缺氧环境的适应有关.这些结果为进一步研究牦牛PASMCs在低氧中的适应性提供了理论支持.
文献关键词：
牦牛;PASMCs;低氧与常氧;TMT技术
中图分类号：
作者姓名：
张兰;姚一凡;覃安琪;李睿;张伊阳;陈树吾;许瑾;乔自林;杨琨
作者机构：
西北民族大学生命科学与工程学院,兰州730030;甘肃省动物细胞技术创新中心,兰州730030;西北民族大学生物医学研究中心,兰州730030
文献出处：
引用格式：
[1]张兰;姚一凡;覃安琪;李睿;张伊阳;陈树吾;许瑾;乔自林;杨琨-.基于TMT技术对低氧与常氧条件下耗牛PASMCs的蛋白组学分析)[J].畜牧兽医学报,2022(07):2182-2193
A类：
低氧与常氧,PGAM
B类：
TMT,耗牛,PASMCs,蛋白组学,组学分析,串联质谱标签,tandem,mass,tag,肺动脉平滑肌细胞,pulmonary,arterial,smooth,muscle,cells,培养条件,差异表达蛋白,differentially,ex,pressed,proteins,DEPs,高原牦牛,贴壁培养,培养法,总蛋白,定量技术,技术筛选,功能注释,通路分析,组蛋白,共获,FC,fold,change,富集分析,碳代谢,糖酵解,糖代谢,HIF,次生代谢产物,生物合成,相关通路,PGK,HK,LDH,pfkA,IL6ST,PDK1,亚细胞定位,质膜,表皮生长因子样结构域,低氧适应性,缺氧环境
AB值：
0.358735
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
