典型文献
刺芹侧耳软腐病病原菌分泌系统组成、蛋白互作分析及效应蛋白预测
文献摘要：
软腐病是刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)(商品名:杏鲍菇)的主要病害,北京欧文氏菌(Erwinia beijingensis)是该病的病原菌,目前该病原菌的致病机理尚不明确.本研究采用三代Nanopore与二代Illumina平台结合的方法获得了北京欧文氏菌的全基因组信息(0 gap),并进行了基因功能注释和分泌系统组成分析.在STRING网站()预测了分泌系统蛋白的相互作用并绘制了蛋白互作网络;用SecReT6和Effectivet3软件预测了分泌的效应蛋白.北京欧文氏菌基因组大小为4.11 Mb,GC含量为50.17％,具有编码基因3815个.北京欧文氏菌具有Ⅰ型(typeⅠsecretion system,T1SS)、Ⅲ型(T3SS)、Ⅳ型(T4SS)和Ⅵ型分泌系统(T6SS).T1SS由3个蛋白组成,包含内膜(inner membrane,IM)蛋白、膜融合蛋白(membrane fusion protein,MFP)和外膜(outer membrane,OM)蛋白,其中2对蛋白之间具有相互作用,推测分泌36个效应蛋白.T3SS包括9个保守的Hrp(hrp conserved,Hrc)蛋白和11个过敏反应与致病性(hypersensitive response and pathogenicity,Hrp)蛋白,组成88个蛋白互作对,预测分泌154个效应蛋白.T4SS包括9个毒性蛋白B(virulence B,VirB)蛋白,组成21对蛋白的相互作用关系,推测分泌11个效应蛋白.北京欧文氏菌具有2个T6SS,T6SS-1由13个T6SS蛋白和11个未知蛋白组成,形成104个蛋白互作对,T6SS-2包括11个蛋白和8个未知蛋白,组成55个蛋白互作对,SecReT6软件预测T6SS分泌6个效应蛋白.58个分泌系统基因在病原菌侵染宿主前、后均具有表达,其中34个基因具有显著的表达差异.本研究从基因组层面上解析了北京欧文氏菌分泌系统的组成、蛋白互作和分泌的效应蛋白,为该菌致病相关基因的解析提供了基础数据,为深入解析其致病机理提供理论依据.
文献关键词：
软腐病;北京欧文氏菌;基因组;分泌系统;蛋白互作
中图分类号：
作者姓名：
谷彤彤;赵爽;宋爽;刘宇;荣成博
作者机构：
北京市农林科学院植物保护研究所,北京100097;北京市食用菌工程技术研究中心,北京100097
文献出处：
引用格式：
[1]谷彤彤;赵爽;宋爽;刘宇;荣成博-.刺芹侧耳软腐病病原菌分泌系统组成、蛋白互作分析及效应蛋白预测)[J].农业生物技术学报,2022(07):1368-1384
A类：
北京欧文氏菌,beijingensis,SecReT6,Effectivet3,Hrp,hrp,Hrc,VirB
B类：
刺芹侧耳,耳软,软腐病,分泌系统,系统组成,蛋白互作分析,效应蛋白,Pleurotus,eryngii,商品名,杏鲍菇,主要病害,Erwinia,致病机理,Nanopore,Illumina,全基因组,基因组信息,gap,基因功能注释,组成分析,STRING,蛋白互作网络,软件预测,基因组大小,Mb,编码基因,type,secretion,system,T1SS,T3SS,T4SS,T6SS,蛋白组成,内膜,inner,membrane,IM,融合蛋白,fusion,protein,MFP,外膜,outer,OM,白之,conserved,过敏反应,致病性,hypersensitive,response,pathogenicity,virulence,相互作用关系,病原菌侵染,宿主,表达差异
AB值：
0.295909
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