典型文献
基于微流控芯片的鲑科鱼类单核苷酸多态性分型系统构建
文献摘要：
为开发针对大规模样本、低通量位点的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)分型技术,研究依据虹鳟高通量SNP芯片检测鲑科4个属不同物种群体样本的结果,筛选获得了96个高质量共享多态性位点,应用Fluidigm 96.96微流控动态芯片平台,构建了用于鲑科物种增殖放流个体识别的SNP分型系统.以细鳞鲑为例评估芯片分型结果可靠性,分型成功率为98.63％,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到97.92％.基于该芯片分型结果,使用CERVUS 3.0.7软件对96尾细鳞鲑子代样本及其候选亲本和干扰亲本进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱,在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent,NE-1P)为4.362×10–4,用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair,NE-PP)为6.538×10–12,完全满足增殖放流回捕个体分子鉴定的需求.基于该芯片分型数据进行STRUCTURE遗传结构分析,可以明确区分不同来源野生群体的遗传组分,并对待测个体的遗传组分进行初步判别,能够满足种群遗传结构初步评估的需求.研究构建的包含96个位点的SNP分型系统,适合应用于鲑科鱼类增殖放流个体识别、种群遗传结构动态评估,以及在此基础上开展的增殖放流效果评估.
文献关键词：
鲑科鱼类;单核苷酸多态性;微流控芯片;增殖放流;亲权鉴定
中图分类号：
作者姓名：
赵紫霞;许建;吴碧银;曹顶臣;白庆利;徐鹏;马卓君
作者机构：
中国水产科学研究院, 北京 100141;上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所, 哈尔滨 150070;厦门大学海洋与地球学院, 福建省海洋生物遗传育种重点实验室, 厦门 361102
文献出处：
引用格式：
[1]赵紫霞;许建;吴碧银;曹顶臣;白庆利;徐鹏;马卓君-.基于微流控芯片的鲑科鱼类单核苷酸多态性分型系统构建)[J].水生生物学报,2022(08):1120-1129
A类：
Fluidigm,CERVUS
B类：
微流控芯片,鲑科鱼类,单核苷酸多态性,系统构建,发针,模样,低通量,Single,nucleotide,polymorphism,SNP,虹鳟,芯片检测,多态性位点,增殖放流,个体识别,细鳞鲑,Affymetrix,子代,亲本,亲权鉴定,杂家,家系,系谱,单亲,Non,exclusion,probability,first,parent,NE,1P,双亲,pair,PP,流回,分子鉴定,STRUCTURE,遗传结构分析,不同来源,野生群体,种群遗传结构,研究构建,个位,鱼类增殖,动态评估,放流效果,效果评估
AB值：
0.313693
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