典型文献
基于单倍型肉牛屠宰性状全基因组关联分析研究
文献摘要：
单倍型标记与数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)之间具有较强的连锁不平衡(linkage disequi-librium,LD)关系,在基因定位和因果突变鉴定方面具有较高的应用价值.为了评估单倍型标记在基因组研究中的作用,本研究在华西牛资源群体中,选取该群体于2008-2021年间屠宰的共计1 478头平均月龄为24个月的个体进行研究,其中公牛1 333头,母牛145头.利用770K高密度芯片数据,基于LD阈值(r2＞0.3)及固定单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)个数(5个连续SNP)两种方法进行单倍型构建,分别采用单位点SNP标记和两种单倍型标记共3种标记,基于GCTA的混合线性模型(mixed linear model,MLM),开展宰前活重(LW)和屠宰率(DP)等屠宰性状的全基因组关联分析(genome-wide association study,GW AS),定位影响屠宰性状的显著(P＜0.05)SNPs、单倍型块和候选基因,同时比较3种标记的GW AS结果,评估3种标记的优劣.结果显示,3种标记在全基因组范围内共找到16个的显著SNPs及单倍型区域,主要分布于1、5、6、14、16、17和28号染色体上,同时鉴定到FAM184B、PPM1K、LCORL、RIMS2等10个与屠宰性状相关的候选基因,其中,基于SNP标记方法鉴定到的3个候选基因,在利用基于单倍型标记的方法中也鉴定到,且单倍型鉴定到的显著性位点或区域大多位于基因内部.在两种单倍型构建方法中,与基于固定SNP个数构建单倍型进行GWAS相比,基于LD阈值的构建方法鉴定到了更多候选基因.本研究结果表明,以单倍型开展GWAS可以综合考虑SNP位点间连锁关系,能较好地揭示复杂性状的遗传结构.
文献关键词：
肉牛;单倍型;单核苷酸多态性;全基因组关联分析;连锁不平衡
中图分类号：
作者姓名：
李宏伟;徐凌洋;王泽昭;蔡文涛;朱波;陈燕;高雪;张路培;高会江;李俊雅
作者机构：
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牛遗传育种创新团队,北京100193
文献出处：
引用格式：
[1]李宏伟;徐凌洋;王泽昭;蔡文涛;朱波;陈燕;高雪;张路培;高会江;李俊雅-.基于单倍型肉牛屠宰性状全基因组关联分析研究)[J].畜牧兽医学报,2022(12):4232-4243
A类：
disequi,770K,GCTA,FAM184B,PPM1K,RIMS2
B类：
单倍型,肉牛,屠宰性状,全基因组关联分析,数量性状基因座,quantitative,trait,loci,QTL,连锁不平衡,linkage,librium,LD,基因定位,估单,基因组研究,华西牛,月龄,公牛,母牛,r2,定单,single,nucleotide,polymorphism,混合线性模型,mixed,linear,model,MLM,LW,屠宰率,DP,genome,wide,association,study,SNPs,候选基因,LCORL,构建方法,GWAS,连锁关系,复杂性状,遗传结构,单核苷酸多态性
AB值：
0.315366
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
