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青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因分型研究
文献摘要：
目的:探讨青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）的基因型及其地区分布。方法:选取青海省地方病预防控制所保存的1954-2011年在不同地区宿主、媒介体内分离的1 004株鼠疫菌作为实验对象，采用传统的苯酚-氯仿混合抽提法提取鼠疫菌DNA。分别对3个CRISPR位点（YPa、YPb和YPc）进行PCR扩增、测序，将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPRDictionary数据库进行检索比对，以鉴定间区序列（spacer）；对CRISPR各位点新发现的spacer，在美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库进行Blast序列比对，推测基因序列来源。根据CRISPR spacer阵列的多态性对青藏高原鼠疫菌进行基因分型。结果:1 004株鼠疫菌共发现53种spacer，其中新发现6种，分别为a105、a106、a107、b51、b52、c14；1 004株鼠疫菌被分成44个不同的CRISPR基因型，10大类群，新发现基因型15种，喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型以G26-a1′、G7、G22、G24-a1′、G22-a1′、G9、G26-a1′a60型为主，青海田鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型为G37-a6′型。结论:青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型具有高度多样性，且地区分布特征显著。
文献关键词：
鼠疫菌;青藏高原;鼠疫自然疫源地;规律间隔成簇短回文重复序列;基因型
中图分类号：
作者姓名：
何建;靳娟;辛有全;杨晓艳;李胜;张琪;柏吉祥;李广辉;代瑞霞;李伟
作者机构：
青海省地方病预防控制所鼠疫菌专业实验室，西宁 810021;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室，北京 102206
文献出处：
引用格式：
[1]何建;靳娟;辛有全;杨晓艳;李胜;张琪;柏吉祥;李广辉;代瑞霞;李伟-.青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因分型研究)[J].中华地方病学杂志,2022(09):703-708
A类：
YPa,YPb,YPc,CRISPRDictionary,a105,a106,a107,b51,b52,c14,a60,G37
B类：
青藏高原,鼠疫自然疫源地,地鼠,鼠疫菌,基因分型,分型研究,规律间隔成簇短回文重复序列,基因型,地区分布,青海省,省地,地方病,预防控制,宿主,媒介体,实验对象,苯酚,氯仿,抽提法,新报,进行检索,spacer,各位,新发现,生物技术,信息中心,NCBI,Blast,序列比对,基因序列,多态性,类群,喜马拉雅旱獭,G26,G7,G22,G24,G9,海田,田鼠
AB值：
0.200697
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