典型文献
基于不同方法的大肠埃希菌分型效果评价
文献摘要：
目的:评价并验证成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPRs）、血清学和多位点测序分型（MLST）方法对大肠埃希菌分型的效果。方法:使用CRISPRsFinder分析大肠埃希菌全基因组序列的CRISPRs间隔序列，使用在线软件SeroTypeFinder和 MLST获得血清型和序列型（ST）；采用PCR扩增并分析349株大肠埃希菌CRISPRs，使用CRISPRs间隔序列预测血清型和ST，并比较血清学和MLST分型结果。结果:将I-E型CRISPR/Cas、I-F型CRISPR/Cas和CRISPR3-4分别命名CT-Ⅰ、CT-Ⅱ和CT-Ⅲ。根据CRISPRs间隔序列构成和排列进一步进行分型，203株大肠埃希菌被分为79个CT型别，76个血清型和66个ST。CRISPRs分型的区分能力最强，辛普森指数为0.936。CRISPRs和血清学的关联程度最高，调整兰德指数为0.908。CRISPRs型能进一步区分相同血清或ST产志贺毒素的大肠埃希菌［O157∶H7（ST11）、O104∶H4（ST678）和O26∶H11（ST21）］菌株。扩增实验室菌株的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3、CRISPR4和CRISPR3-4，检出率分别为81.1%、94.5%、1.4%、1.4%和4.6%；根据CRISPRs间隔序列预测O157∶H7（ST11）和ST131准确率分别为95.0%和100.0%。结论:基于CRISPRs的大肠埃希菌的分子分型方法呈现较好的分型效果和临床应用效果，预期可以成为大肠埃希菌分型的重要分子标志物。
文献关键词：
大肠埃希菌;成簇规律间隔短回文重复序列;血清型;多位点测序分型
中图分类号：
作者姓名：
梁文娟;胡爱玲;龙金照;朱金钦;段广才
作者机构：
新乡医学院公共卫生学院流行病与卫生统计教研室，新乡 453003;郑州大学公共卫生学院流行病教研室，郑州 450001
文献出处：
引用格式：
[1]梁文娟;胡爱玲;龙金照;朱金钦;段广才-.基于不同方法的大肠埃希菌分型效果评价)[J].中华流行病学杂志,2022(08):1321-1325
A类：
CRISPRs,CRISPRsFinder,SeroTypeFinder,CRISPR3,O104,ST678,ST21,CRISPR2,CRISPR4
B类：
不同方法,大肠埃希菌,证成,成簇规律间隔短回文重复序列,血清学,多位点测序分型,MLST,全基因组序列,间隔序列,血清型,序列预测,Cas,型别,区分能力,辛普森,关联程度,兰德,志贺毒素,O157,H7,ST11,H4,O26,H11,扩增实验,CRISPR1,ST131,分子分型,分型方法,临床应用效果,分子标志物
AB值：
0.238127
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