典型文献
基于单细胞转录组的多级别胶质瘤异质性及免疫微环境分析揭示了潜在的预后生物标志物
文献摘要：
脑胶质瘤(glioma)是中枢神经系统最常见的内在肿瘤,具有发病率高、预后较差等特点.本研究旨在鉴定多形性胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)和低级别胶质瘤(lower-grade gliomas,LGG)之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),以探讨不同级别胶质瘤的预后影响因素.从NCBI基因表达综合数据库中收集了胶质瘤的单细胞转录组测序数据,其中包括来自3个数据集的共29 097个细胞样本.对于不同分级的人脑胶质瘤进行分析,经过滤得到21 071个细胞,通过基因本体分析、京都基因与基因组百科全书途径分析,从差异表达基因中筛选出70个基因,我们通过查阅文献,聚焦到delta样典型Notch配体3(delta like canonical Notch ligand 3,DLL3)这个基因.基于TCGA的基因表达谱交互分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)数据库用于探索LGG和GBM中DLL3基因的表达差异,采用基因表达谱交互式分析和肿瘤免疫学估计资源(tumor immune estimation resource,TIMER)数据库,研究关键基因在不同分级的脑胶质瘤中的表达,预测了与免疫治疗密切相关的生物标志物.cBioPortal数据库用于探索DLL3表达与25个免疫检查点之间的关系.基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)进一步确定了与中心基因相关的途径.最后,在中国胶质瘤基因组图谱(Chinese glioma genome atlas,CGGA)中验证了生物标志物在预后和预测中的疗效.这些结果发现,预后基因与肿瘤增殖和进展有关,通过生物学信息和生存分析,表明这些基因可能作为一种有前途的预后生物标志物,并作为选择治疗策略的新靶点.
文献关键词：
人脑胶质瘤;单细胞转录组;功能注释;DLL3;免疫微环境
中图分类号：
作者姓名：
刘洁;许凯龙;马立新;王洋
作者机构：
湖北大学生命科学学院省部共建生物催化与酶工程国家重点实验室,湖北武汉430062
文献出处：
引用格式：
[1]刘洁;许凯龙;马立新;王洋-.基于单细胞转录组的多级别胶质瘤异质性及免疫微环境分析揭示了潜在的预后生物标志物)[J].生物工程学报,2022(10):3790-3808
A类：
B类：
免疫微环境,环境分析,预后生物标志物,中枢神经系统,多形性胶质母细胞瘤,glioblastoma,multiforme,GBM,低级别胶质瘤,lower,grade,gliomas,LGG,差异表达基因,differentially,expressed,genes,DEGs,同级,预后影响因素,NCBI,基因表达综合数据库,单细胞转录组测序,序数,细胞样本,人脑胶质瘤,基因本体分析,京都基因与基因组百科全书,途径分析,delta,Notch,like,canonical,ligand,DLL3,TCGA,基因表达谱,交互分析,expression,profiling,interactive,analysis,GEPIA,表达差异,交互式分析,肿瘤免疫学,tumor,immune,estimation,resource,TIMER,关键基因,免疫治疗,cBioPortal,免疫检查点,基因集富集分析,set,enrichment,GSEA,中心基因,基因组图谱,Chinese,genome,atlas,CGGA,预后基因,肿瘤增殖,生存分析,前途,治疗策略,新靶点,功能注释
AB值：
0.396208
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