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肾阳虚体质大鼠肝细胞全基因组DNA甲基化的测序与分析
文献摘要：
目的 探讨肾阳虚体质大鼠肝细胞DNA甲基化特征.方法 选取本课题组前期研发的自发性肾阳虚体质模型大鼠子一代、子四代雄性各3只分别组成子一代组和子四代组,3只正常SD大鼠设为空白组.取各组大鼠肝脏组织,进行DNA抽取与质检,构建DNA文库,进行甲基化测序,与参考基因组进行唯一比对,定位富集区域.将子一代组、子四代组富集区域分别与空白组比较,取差异富集区域.子一代组、子四代组差异富集区域取交集,将富集区域关联到基因,并根据组间富集区域富集样本个数差异筛选组间差异的甲基化富集区域.针对差异关联基因集进行GO、KEGG功能分析.结果 子一代组共获得276 091个富集区域,子四代组共获得309 430个富集区域,空白组共获得275413个富集区域.与空白组大鼠相比,子一代组肾阳虚体质大鼠差异富集区域共372个,其中甲基化水平增高89个,甲基化水平降低283个;子四代组肾阳虚体质大鼠差异富集区域共51条,其中甲基化水平增高30个,甲基化水平降低21个.取子一代组与子四代组差异富集区域的交集,初步筛出差异富集区域12个.对差异富集区域进行GO、KEGG功能分析,密切关联到基因11个,其中甲基化水平增高有Gdap1、Cdkal1、Cd3001b,甲基化水平降低有Zmiz1、Fam111a、Sh3bp4、As3mt、Col16a1、LOC103690271、Wdpcp、LOC102553861,基因功能涉及线粒体膜生成、代谢过程、细胞增殖、细胞吞噬、信号转导、生物调节、蛋白定位等.结论 肾阳虚体质大鼠存在肝细胞DNA甲基化的差异表达,差异甲基化位点其关联基因集中于肿瘤发生和线粒体能量代谢、糖脂代谢等生物学功能紊乱.
文献关键词：
肾阳虚;体质;肝细胞;DNA甲基化;表观遗传学;大鼠
中图分类号：
作者姓名：
欧阳双;李晗;蔡海洋;吴晶;汤朝晖;李炜弘
作者机构：
成都中医药大学,成都市温江区柳台大道1166号,611137
文献出处：
引用格式：
[1]欧阳双;李晗;蔡海洋;吴晶;汤朝晖;李炜弘-.肾阳虚体质大鼠肝细胞全基因组DNA甲基化的测序与分析)[J].中医杂志,2022(09):875-881
A类：
Gdap1,Cdkal1,Cd3001b,Zmiz1,Fam111a,Sh3bp4,As3mt,Col16a1,LOC103690271,Wdpcp,LOC102553861
B类：
肾阳虚,阳虚体质,肝细胞,全基因组,自发性,模型大鼠,子一代,四代,别组,肝脏组织,质检,文库,甲基化测序,参考基因,一比,富集区,差异富集,交集,区域关联,关联基因,功能分析,共获,甲基化水平,平降,出差,基因功能,代谢过程,细胞吞噬,信号转导,蛋白定位,差异表达,甲基化位点,肿瘤发生,线粒体能量代谢,糖脂代谢,生物学功能,功能紊乱,表观遗传学
AB值：
0.169402
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