典型文献
基于GEO数据库脓毒症心肌病差异基因的筛选与生物信息分析
文献摘要：
目的 利用脓毒症心肌病(SCM)的差异性基因,检测与SCM有关的潜在靶点,为寻找最新的诊断方法与疗法提供新途径.方法 从美国GEO数据库上下载GSE79962基因芯片,并使用NetworkAnalyst的网络大数据分析技术工具分析SCM病人和对照组患者(NF)所表达的差异基因,并将结果可视化.将不同差异基因(DEGs)经过分析,使用Metascape网络数据库系统和String网站对其经过富集分析及蛋白质互助作用构建PPI网络图,从而检测出重要基因组和功能模块.结果 一共筛选出了390个DEGs,包括上升基因288个,下降基因162个.而基因组本体分析则表明,DEGs在生物过程学中一般富集在对药物反应、对血栓形成的积极调控、对细菌繁殖的负性调控等;在细菌组成方面一般是富集于细胞外区段、细胞外间隙、浆膜的整体成分等;在分子物质作用功能则一般是富集于与蛋白质的融合、钙离子融合、受体结合等.通路分析提示,DEGs主要富集于PI3K?Akt信号通路、胰岛素抵抗等.利用Cytoscape的在线数据库,检测出了2种显著作用模块和10个重要基因,它们为STAT3、SERPINE1、TIMP1、TP53、ICAM1、IGF1、MYC、THBS1、HMOX1、ADIPOQ.结论 DEGs与SCM的发生进展密切相关,为更深入研究SCM的发病机制和早期鉴定提供了新思路.
文献关键词：
脓毒症心肌病;差异基因;生物信息分析;GEO数据库
中图分类号：
作者姓名：
秦伟强;顾杨;李莉;余涛
作者机构：
中山大学孙逸仙纪念医院急诊科,广州510120
文献出处：
引用格式：
[1]秦伟强;顾杨;李莉;余涛-.基于GEO数据库脓毒症心肌病差异基因的筛选与生物信息分析)[J].岭南现代临床外科,2022(03):285-291
A类：
GSE79962
B类：
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AB值：
0.394727
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