典型文献
帕金森病相关基因筛选、功能富集和信号通路生物信息学分析
文献摘要：
目的 探讨帕金森病相关基因表达、功能富集和信号通路.方法 首先检索基因表达谱数据库(GEO)中关于帕金森病相关基因芯片数据,应用GEO数据库在线分析软件GEO2R分析帕金森病患者(尸体)脑组织黑质和对照组脑组织(尸体)黑质中差异表达基因.STRING数据库分析筛查出的差异表达基因编码蛋白间的相互作用关系,探讨相关信号通路.并采用cytospace软件筛选信号通路关键基因(hub gene)并对关键基因进行聚类分析.结果 我们选取了GSE20333表达谱数据集为分析对象,筛选出PD差异表达基因190个,上调56个,下调134个.差异表达基因编码蛋白主要定位于细胞膜、细胞核、蛋白复合体等.分子功能主要为蛋白结合、铁结合及核蛋白结合等,而生物学过程主要富集于代谢调节,对外界刺激的反应和细胞之间相互作用.上述基因主要信号通路富集于DNA修复,细胞周期和有丝分裂,神经系统发育调节等.在String数据库中分析上述差异表达基因编码蛋白间相互作用网络,整个蛋白互相作用网络共有51个蛋白节点,693个相互作用关系,评价每个蛋白相互作用关系为27.2,区域聚类指数为0.91,蛋白相互作用富集明显(P<0.05).POLA1,PRIM1,PRIM2,POLA2,ORC1,ORC3,ORC5,ORC2,ORC4和NDC80为帕金森病信号通路关键基因,且关键基因呈现出明显的聚类表达.结论 帕金森病患者存在明显的差异表达基因谱,差异表达关键基因在帕金森病发病中发挥重要作用.
文献关键词：
帕金森病;生物信息学分析;基因表达数据库;信号通路
中图分类号：
作者姓名：
邱淑娟
作者机构：
天津市静海区医院神经内科,天津 301600
文献出处：
引用格式：
[1]邱淑娟-.帕金森病相关基因筛选、功能富集和信号通路生物信息学分析)[J].中国处方药,2022(06):1-3
A类：
cytospace,GSE20333,POLA1,PRIM1,PRIM2,ORC3,ORC2
B类：
基因筛选,功能富集,生物信息学分析,相关基因表达,基因表达谱,谱数据,基因芯片,在线分析,GEO2R,帕金森病患者,尸体,脑组织,黑质,差异表达基因,STRING,数据库分析,查出,基因编码,编码蛋白,相互作用关系,关键基因,hub,gene,集为,细胞膜,细胞核,复合体,蛋白结合,核蛋白,生物学过程,代谢调节,信号通路富集,细胞周期,有丝分裂,神经系统发育,发育调节,String,相互作用网络,蛋白相互作用,区域聚类,类指,POLA2,ORC1,ORC5,ORC4,NDC80,基因表达数据库
AB值：
0.301949
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