典型文献
基于生信分析筛选乙型肝炎相关肝细胞癌关键基因及其中药防治预测与系统评价
文献摘要：
目的:筛选乙型肝炎相关肝细胞癌的关键基因并对其相关的防治中药进行预测.方法:从GEO数据库获取基因芯片数据,运用GEO2R分析差异基因,使用Venny2.1 作Venn图,得到交集差异基因(DEGs);通过Metascape在线数据库对交集DEGs进行基因本体(GO)功能、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将交集DEGs导入String作蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,得到关键基因;UCSC Xena分析关键基因在原发性肝癌和正常组织的表达差异,Kaplan-Meier Plotter作关键基因生存曲线,Coremine Medical预测中药;运用STATA 17 对预测中药作Meta分析验证中药疗效.结果:获得GSE121248 芯片与GSE47197 芯片的交集DEGs 403 个,包括上调基因 82 个;下调基因321 个.关键基因有CDK1,CCNB1,AURKA,CCNB2,CDKN3,BIRC5,ESR1,NDC80,TPX2,ASPM.除ESR1 在肝癌组织表达下降之外,其他 9 个关键基因均在肝癌组织表达上调,经检验结果差异有统计学意义(P＜0.001).10 个关键基因生存曲线经Logrank检验,均差异有统计学意义(P＜0.01).预测得到 43 味相关中药,包括冬凌草、雷丸、野马追等.经Meta分析证实了预测中药的有效性.结论:基于生信分析得到乙型肝炎相关肝细胞癌的关键基因,并预测得到具有防治作用的中药,可为临床诊疗及中药开发提供参考.
文献关键词：
癌;肝细胞;乙型肝炎;慢性;中草药;差异基因;药物筛选试验;抗肿瘤;系统评价
中图分类号：
作者姓名：
吴辉渊
作者机构：
江西中医药大学附属医院,江西 南昌 330006
文献出处：
引用格式：
[1]吴辉渊-.基于生信分析筛选乙型肝炎相关肝细胞癌关键基因及其中药防治预测与系统评价)[J].药品评价,2022(21):1340-1344
A类：
GSE121248,GSE47197,雷丸
B类：
生信分析,乙型肝炎,肝炎相关,肝细胞癌,关键基因,中药防治,基因芯片,GEO2R,差异基因,Venny2,交集,DEGs,Metascape,基因本体,京都基因和基因组百科全书,通路富集分析,String,蛋白相互作用,PPI,UCSC,Xena,原发性肝癌,正常组织,表达差异,Kaplan,Meier,Plotter,生存曲线,Coremine,Medical,STATA,分析验证,中药疗效,CDK1,CCNB1,AURKA,CCNB2,CDKN3,BIRC5,ESR1,NDC80,TPX2,ASPM,肝癌组织,组织表达,Logrank,均差,冬凌草,野马追,防治作用,临床诊疗,中草药,药物筛选试验
AB值：
0.407194
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