典型文献
基于多组学数据研究奥卡西平抗痫机制
文献摘要：
目的 基于多组学数据探究奥卡西平靶基因与癫痫基因的相关性,探讨奥卡西平抗痫机制.方法 借助DrugBank数据库检索奥卡西平靶基因,利用Magama软件及整合单细胞测序数据验证奥卡西平靶基因在全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)层面与癫痫致病基因的相关性,应用Fisher检验验证奥卡西平靶基因与稀有变异癫痫危险基因存在显著遗传重叠,运用R软件进行奥卡西平靶基因富集,基于DAVID数据库对靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书信号通路富集分析.结果 共获得奥卡西平药物靶点25种,主要为钠离子通道、细胞色素P450家族成员、醛酮还原酶家族成员、血清白蛋白、羰基还原酶家族成员.通过癫痫GWAS数据基因集分析,奥卡西平靶基因与癫痫致病基因存在显著关联,且与单基因突变所致癫痫风险基因存在显著重叠,主要为电压门控钠离子通道.通过测序得出奥卡西平富集神经细胞类型主要为下丘脑GABA能神经元和中型多棘神经元.通过靶向富集途径分析,显示奥卡西平药物靶点显著富集在中枢神经系统钠离子通道中.结论 基于生物信息学整合分析,奥卡西平可能通过作用于下丘脑GABA能神经元、中型多棘神经元中的钠离子通道基因发挥抗痫作用.
文献关键词：
癫痫;奥卡西平;单细胞测序;全基因组关联分析;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
徐雯;吕玉芹;高蕾;张敬军
作者机构：
山东第一医科大学第二附属医院,山东泰安 271000
文献出处：
引用格式：
[1]徐雯;吕玉芹;高蕾;张敬军-.基于多组学数据研究奥卡西平抗痫机制)[J].山东第一医科大学（山东省医学科学院）学报,2022(05):327-334
A类：
Magama
B类：
多组学数据,数据研究,奥卡西平,靶基因,癫痫,DrugBank,数据库检索,单细胞测序,序数,数据验证,全基因组关联分析,genome,wide,association,study,GWAS,致病基因,Fisher,检验验证,稀有,有变,基因富集,DAVID,对靶,基因本体功能富集分析,京都基因与基因组百科全书,书信,信号通路富集,通路富集分析,共获,药物靶点,细胞色素,P450,醛酮,血清白蛋白,羰基还原酶,单基因突变,风险基因,电压门控钠离子通道,神经细胞,细胞类型,下丘脑,GABA,富集途径,途径分析,中枢神经系统,整合分析
AB值：
0.220531
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