典型文献
三阴性乳腺癌相关miRNA筛选及其靶基因的生物信息学分析
文献摘要：
应用生物信息学方法筛选并分析三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)相关miRNA及其靶基因,为TNBC的研究提供潜在的分子靶点.采用GEO2R分析TNBC相关miRNA芯片数据集,筛选差异表达倍数最大的5个上调和5个下调miRNA.miRWalk、TargetScan和miRDB预测靶基因并进行Veen分析取交集.利用DAVID对靶基因进行GO富集分析和KEGG通路分析.利用STRING数据库构建蛋白互作网络,并结合Cytoscape构建miRNA-靶基因调控网络,从而筛选出关键的miRNA及其关键靶基因.利用GEPIA2数据库对靶基因进行生存分析.GEO2R筛选出486个差异miRNA,上调和下调的miRNA分别有298个和188个.对差异倍数最大的5个上调和5个下调miRNA的靶基因进行富集分析显示,靶基因主要参与ErbB信号通路、癌症中转录调控紊乱和cGMP-PKG信号通路等.miRNA-靶基因调控网络显示,表达上调的关键miRNA为miR-611,其关键靶基因为CDC27、UBE2D2、UBR1、SPSB1、HERC2和RLIM;表达下调的关键miRNA为miR-1205,其关键靶基因为WSB1、FBXL8、UBE2W、PTPN11、ARF6、DNAJC6和COPS2.生存分析表明,UBR1(P=0.0072)和PTPN11(P=0.029)表达上调可显著降低TNBC患者的整体生存率.经筛选获得的关键miRNA及其关键靶基因可作为潜在分子标记物用于TNBC的早期诊断、治疗靶点选择和预后判断,并为后续的研究提供参考依据.
文献关键词：
三阴性乳腺癌;GEO数据库;微小RNA;靶基因
中图分类号：
作者姓名：
胡鑫;麻慧慈;韩明盛;原晓红;杨鸣宇;马艳琴
作者机构：
山西农业大学生命科学学院,山西 晋中 030801
文献出处：
引用格式：
[1]胡鑫;麻慧慈;韩明盛;原晓红;杨鸣宇;马艳琴-.三阴性乳腺癌相关miRNA筛选及其靶基因的生物信息学分析)[J].生物技术进展,2022(02):296-304
A类：
CDC27,UBE2D2,SPSB1,RLIM,WSB1,FBXL8,UBE2W,DNAJC6,COPS2
B类：
三阴性乳腺癌,miRNA,生物信息学分析,生物信息学方法,triple,negative,breast,cancer,TNBC,分子靶点,GEO2R,差异表达,倍数,miRWalk,TargetScan,miRDB,Veen,析取,交集,DAVID,对靶,富集分析,通路分析,STRING,数据库构建,蛋白互作网络,Cytoscape,基因调控网络,关键靶基因,GEPIA2,生存分析,ErbB,转录调控,cGMP,PKG,UBR1,HERC2,PTPN11,ARF6,分子标记物,治疗靶点,靶点选择,预后判断
AB值：
0.297381
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