目的 基于生物信息学方法筛选肿瘤微环境(TME)中与胃癌进展和预后相关的潜在关键基因.方法 通过对TCGA数据库中胃癌及癌旁正常组织样本的转录组RNA-Seq数据进行生物信息学分析,筛选出在TME中与胃癌患者生存和预后密切相关的基因.通过R语言软件计算胃癌组织样本中基质成份及免疫成份比例,获得基质评分和免疫评分,并分析患者生存率、临床病理特征与基质评分、免疫评分的相关性;采用R语言软件分析获得胃癌组织与癌旁正常组织的差异表达基因(DEGs),并进行KEGG和GO富集分析;通过构建蛋白质相互作用网络(PPI)及利用单因素COX回归分析进一步筛选出显著DEGs;对显著DEGs进行样本配对分析,获得关键DEGs;对关键DEGs进行患者生存率及其与临床病理特征相关性分析;再对关键DEGs进行基因集富集分析(GSEA);最后通过CIBERSORT计算方法获得肿瘤浸润性免疫细胞(TICs)的类型,并对TICs类型和比例与关键DEGs的表达水平进行相关性分析.结果 基质和免疫评分与患者生存率的相关性分析显示,高基质评分与患者生存率呈负相关,与胃癌grade分级、Stage分期、TNM分期的T分期显著相关(P<0.05);对通过R语言软件初步筛选出的1305个DEGs进行KEGG富集分析显示,这些DEGs主要参与了免疫应答过程,GO富集分析显示大部分DEGs主要参与免疫应答过程;对分析获得的显著DEGs进行样本配对分析,获得F13A1、MCEMP1两个关键DEGs,对关键DEGs的患者生存率及其与临床病理特征相关性分析显示,F13A1、MCEMP1高表达与患者生存率呈负相关,与胃癌患者的临床病理特征grade分级、Stage分期、TNM分期的T、N分期呈正相关(P<0.05);关键DEGs的GSEA结果表明,F13A1、MCEMP1高表达主要集中在免疫相关通路;关键DEGs与TICs的相关性分析表明,F13A1的高表达与8种TICs存在显著相关性(P<0.05),MCEMP1的高表达与14种TICs存在显著相关性(P<0.05).结论 F13A1、MCEMP1可能是胃癌TME中与TICs密切相关并影响胃癌进展和预后的潜在关键基因,可以为胃癌的防治提供新的靶点.

胃肿瘤;因子(Ⅻ)a;膜蛋白质类;淋巴细胞;肿瘤浸润;基因表达谱;计算生物学;数据库;遗传学;预后;生物标记

刘婷;张红;万亿;李晓宇;任明翰;王斌;田字彬

青岛大学附属医院消化内科,山东 青岛 266021;青岛大学基础医学院、公共卫生学院;青岛大学基础医学院免疫学实验室;青岛大学基础医学院特种医学实验室

精准医学杂志

[1]刘婷;张红;万亿;李晓宇;任明翰;王斌;田字彬-.基于TCGA数据库筛选与胃癌进展和预后相关的潜在关键基因)[J].精准医学杂志,2022(02):120-125

MCEMP1

TCGA,关键基因,生物信息学方法,肿瘤微环境,TME,癌旁,正常组织,转录组,Seq,生物信息学分析,胃癌患者,软件计算,胃癌组织,质成,成份,免疫评分,临床病理特征,差异表达基因,DEGs,蛋白质相互作用网络,PPI,COX,配对分析,基因集富集分析,GSEA,CIBERSORT,肿瘤浸润性免疫细胞,TICs,grade,Stage,TNM,初步筛选,免疫应答,F13A1,免疫相关,相关通路,显著相关性,胃肿瘤,膜蛋白质类,基因表达谱,计算生物学,遗传学,生物标记

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