典型文献
基于重测序的不同生态型油梨的全基因组变异及进化分析
文献摘要：
为揭示不同生态型油梨间的差异,对4份不同生态型油梨进行全基因组重测序,平均测序深度为26×,平均覆盖度为89.39％.通过与参考基因组比对,4份不同生态型油梨平均杂合率为64.26％.除了西印度群岛生态型油梨品种Donnie的杂合率最低(为35.34％)外,剩下3份油梨品种的杂合率均超过70％.单核苷酸多态位点(SNP)数量为3854384～6290629个,小片段插入与缺失(Small InDel)总数为1432406～1707608个,这些突变导致了13864～18143个基因的变异.KEGG分析表明,淀粉和蔗糖的代谢通路在4份不同生态型油梨中均存在最多的变异基因.聚类分析表明,相对于西印度群岛生态型,危地马拉和墨西哥生态型油梨品种亲缘关系更近.研究结果在一定程度上反映了不同生态型油梨在基因组水平的差异,为分子标记辅助选择育种提供了科学依据.
文献关键词：
油梨;生态型;全基因组重测序;单核苷酸多态位点;亲缘关系
中图分类号：
作者姓名：
葛宇;徐梓宁;马蔚红;刘远征;王步天;刘毅
作者机构：
云南农业大学热带作物学院 云南普洱 665099;中国热带农业科学院科技信息研究所 海南海口 571101;中国热带农业科学院海口实验站 海南海口 571101;云南天然橡胶产业集团江城有限公司 云南普洱 665909
文献出处：
引用格式：
[1]葛宇;徐梓宁;马蔚红;刘远征;王步天;刘毅-.基于重测序的不同生态型油梨的全基因组变异及进化分析)[J].热带农业科学,2022(11):50-57
A类：
Donnie
B类：
生态型,油梨,基因组变异,进化分析,全基因组重测序,覆盖度,参考基因,杂合率,西印度群,群岛,梨品种,剩下,单核苷酸多态位点,SNP,小片,Small,InDel,蔗糖,代谢通路,异基因,危地马拉,墨西哥,亲缘关系,分子标记辅助选择育种
AB值：
0.229048
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
