典型文献
四川山鹧鸪的转录组组装和注释
文献摘要：
四川山鹧鸪Arborophila rufipectus是中国特有的珍稀濒危鸟类.本研究对1只成年雄性四川山鹧鸪个体的心脏、肝脏和肾脏进行了转录组测序、组装和注释.其原始序列过滤后分别产生了5.70 G、4.60 G和5.16 G数据.286661条转录本经过Trinity组装并去掉冗余后共得到234488个基因.BUSCO评估组装完整性为97.6％.81.29％的unigenes不包含开放阅读框(ORF),16.43％的包含1个ORF,而2.28％的包含2个及以上ORF.70737个基因在NR、GO、KEGG、Swiss和COG数据库获得注释结果,占比30.17％,其中NR数据库的注释结果占比最高(29.27％),而COG数据库的注释结果最低(4.37％).5个数据库共同注释到的基因6998个,NR数据库中单独注释到的基因最多(23773个).本研究为四川山鹧鸪功能基因的挖掘提供了基础数据,并为保护该物种提供了遗传数据.
文献关键词：
四川山鹧鸪;转录组;组装;注释
中图分类号：
作者姓名：
刘乙;何乐为;兰月;周闯;陈本平;岳碧松;孟杨
作者机构：
四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065;四川老君山国家级自然保护区管理局,四川屏山645350;四川大学生命科学学院,四川省濒危动物保护生物学重点实验室,成都610065
文献出处：
引用格式：
[1]刘乙;何乐为;兰月;周闯;陈本平;岳碧松;孟杨-.四川山鹧鸪的转录组组装和注释)[J].四川动物,2022(01):24-29
A类：
四川山鹧鸪,rufipectus,BUSCO
B类：
组组,Arborophila,中国特有,珍稀濒危鸟类,只成,转录组测序,转录本,Trinity,去掉,装完,unigenes,开放阅读框,ORF,NR,Swiss,COG,功能基因
AB值：
0.252732
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