典型文献
冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库的建立
文献摘要：
目的 构建冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库,从基因表达水平比较冠状病毒感染人和动物模型后的异同,为动物实验与临床研究提供数据支撑.方法 从GEO、ArrayExpress等数据库中下载冠状病毒(以SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV为主)感染动物模型与人的转录组数据,对测序数据进行质控、标准化、去除批次效应,分析不同病毒株在感染不同物种、细胞或组织后所引起的基因表达变化,构建基于Django网络应用框架的数据库,建立检索界面,提供数据分析与可视化展示功能.结果 本研究系统性整理了43套测序数据集,建立了冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库.数据库包含3种冠状病毒、4个物种、14种组织/细胞、2373个样本.数据库展示不同基因在不同物种、不同病毒株、不同感染时间、不同滴度、不同细胞或组织中的表达差异.同时嵌入生物信息学分析工具可挖掘基因表达差异,富集差异基因的分子功能、信号通路,并预测对细胞的潜在影响.结论 本文建立了冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库.可为冠状病毒感染动物模型基因表达水平研究提供数据资源和分析工具.
文献关键词：
冠状病毒;数据库;SARS-CoV-2;动物模型;基因表达;比较分析
中图分类号：
作者姓名：
吴玥;向志光;高苒;孔琪
作者机构：
中国医学科学院医学实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室,新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室,北京市人类重大疾病实验动物模型工程技术研究中心,国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室,北京 100021
文献出处：
引用格式：
[1]吴玥;向志光;高苒;孔琪-.冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库的建立)[J].中国实验动物学报,2022(01):92-99
A类：
B类：
冠状病毒感染,动物模型,模型比较,比较转录组,转录组学,组学数据,基因表达水平,动物实验,GEO,ArrayExpress,下载,SARS,CoV,MERS,转录组数据,序数,质控,批次效应,毒株,表达变化,Django,网络应用,应用框架,可视化展示,研究系统,滴度,生物信息学分析,基因表达差异,富集差异,差异基因,潜在影响,水平研究,数据资源
AB值：
0.259317
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