典型文献
基于生物信息学构建带状疱疹神经痛miRNA-mRNA调控网络
文献摘要：
目的:利用生物信息学的方法构建带状疱疹相关神经痛miRNA-mRNA调控网络.方法:从GEO数据库获取水痘-带状疱疹病毒感染的神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)转录组测序数据.利用R软件整合差异表达基因.通过miRNet数据库和FunRich软件筛选疼痛相关miRNAs和下游靶基因,并与整合的差异表达基因取交集,获得miRNA-mRNA关系对,且对网络中miRNAs和靶基因分别进行上游转录因子预测和GO、KEGG分析.通过String数据库建立蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件筛选Hub基因.结果:共筛选到差异表达基因1250个、靶基因123个,GO富集分析发现其主要与轴突生成、中枢神经系统神经元发育、电压门控钠通道活性、转录辅助因子结合等生物过程和分子功能相关.KEGG富集分析发现其主要参与轴突引导、昼夜节律、神经活性配体-受体相互作用等信号通路.结论:成功构建了带状疱疹神经痛miRNA-mRNA调控网络,并筛选得到了mir-34c、mir-98、mir-183、mir-107和SLIT2、ROBO2、ROBO1、PER2、F2RL2、GRID2、S1PR1等关键miRNA和靶基因,为进一步挖掘其分子发病机制提供了理论基础.
文献关键词：
带状疱疹;带状疱疹相关神经痛;带状疱疹后神经痛;生物信息学;miRNA-mRNA;调控网络
中图分类号：
作者姓名：
赵鹏;莫泳锋;吕旌;吴逸伦;周增华;何睿林;蒋宗滨
作者机构：
广西医科大学第二附属医院疼痛科,南宁530000;广西医科大学,南宁530000
文献出处：
引用格式：
[1]赵鹏;莫泳锋;吕旌;吴逸伦;周增华;何睿林;蒋宗滨-.基于生物信息学构建带状疱疹神经痛miRNA-mRNA调控网络)[J].中国疼痛医学杂志,2022(08):590-601
A类：
带状疱疹相关神经痛,ROBO2,F2RL2,GRID2
B类：
带状疱疹神经痛,调控网络,利用生物,GEO,取水,水痘,带状疱疹病毒,神经母细胞瘤细胞,SH,SY5Y,转录组测序,序数,差异表达基因,miRNet,FunRich,miRNAs,靶基因,交集,游转,String,数据库建立,蛋白质互作网络,Cytoscape,Hub,富集分析,轴突,突生,中枢神经系统,神经元发育,电压门控钠通道,辅助因子,生物过程,昼夜节律,选得,mir,34c,SLIT2,ROBO1,PER2,S1PR1,分子发病机制,带状疱疹后神经痛
AB值：
0.314659
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