典型文献
基于公共数据库识别与乳腺癌发生发展及预后的相关基因
文献摘要：
目的 从基因等分子角度探索乳腺癌发生、发展的机制和预后潜在生物标志物.方法 perl平台用于基因名注释;limma包进行基因差异表达分析;WGCNA包对两数据集差异基因加权共表达分析;clusterProfiler包对重叠基因进行基因功能注释;STRING数据库、Cytoscape软件及Cytohubba插件用于构建PPI网络、可视化处理和筛选关键基因;GEPIA2数据库、相关R包、Ualcan及HPA在线数据库用于分析关键基因的表达模式、预后价值和蛋白表达情况,探索它们与临床病理特征和乳腺癌亚型的关系.结果 从癌症基因组图谱和基因表达综合数据库下载乳腺癌数据经整理分析得到PTGS2、KRT18、SFRP1、RGS2、FGF1、LTF、TUBB6、KRT15、CSN1S1、RND3共 10个关键基因.Kaplan-Mei-er Plotter生存分析表明,基因SFRP1与KRT15低表达水平的患者总体生存期较短,差异有统计学意义(P＜0.05);与正常组织相比,肿瘤组织基因SFRP1与KRT15的蛋白表达水平较低,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 与生存显著相关的基因SFRP1与KRT15可能作为乳腺癌潜在的生物标志物,有助于临床医生判断患者预后.
文献关键词：
乳腺癌;生物信息学分析;公共数据库;加权基因共表达网络分析;关键基因
中图分类号：
作者姓名：
潘小锋;周玮;方芳
作者机构：
皖南医学院研究生学院,安徽芜湖241000;皖南医学院第一附属医院甲乳外科,安徽芜湖241000
文献出处：
引用格式：
[1]潘小锋;周玮;方芳-.基于公共数据库识别与乳腺癌发生发展及预后的相关基因)[J].兰州大学学报（医学版）,2022(04):23-29
A类：
KRT18,RGS2,TUBB6,KRT15,RND3
B类：
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AB值：
0.357382
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