典型文献
苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列分析
文献摘要：
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考.[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染.提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列.采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构.[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd.ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9％;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0％;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5％.系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大.多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区.RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol.[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息.
文献关键词：
金红苹果;苹果锈果类病毒;花脸病;内蒙古;病毒基因组;序列分析
中图分类号：
作者姓名：
袁彧伟;付崇毅;孙平平;马强;张斌;李正男;张磊
作者机构：
内蒙古农业大学园艺与植物保护学院,内蒙古呼和浩特010018;内蒙古自治区农牧业科学院,内蒙古呼和浩特010031;内蒙古师范大学生命科学与技术学院,内蒙古呼和浩特010022
文献出处：
引用格式：
[1]袁彧伟;付崇毅;孙平平;马强;张斌;李正男;张磊-.苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列分析)[J].西北农林科技大学学报（自然科学版）,2022(06):63-70
A类：
苹果锈果类病毒,金红苹果,ASSVd,MZ476527,JX861258,MN598205,MN598204,花脸病
B类：
分离物,基因组序列分析,内蒙古自治区,园艺,农场,苹果叶片,apple,scar,skin,viroid,侵染,模板合成,cDNA,检测样品,克隆测序,全基因组序列,MEGA,DNAMAN,寄主,上工,Folding,Form,二级结构,nt,GenBank,登录号,新疆梨,亲缘关系,序列一致性,塞外,系统发育分析,遗传关系,地理来源,病区,杆状,自由能,kJ,序列相关,病毒基因组
AB值：
0.204307
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