典型文献
马氏珠母贝TTLL基因的序列特征、SNP筛选及其与生长性状的关联分析
文献摘要：
为了探究微管蛋白酪氨酸连接酶样(tubulin tyrosine ligase-like,TTLL)在马氏珠母贝Pinctada fuca-ta martensii中的作用,对TTLL基因的序列特征、表达模式及其SNP位点进行了相关分析.结果表明:采用RACE技术克隆获得马氏珠母贝 TTLL 基因 cDNA 全长为 1962 bp,其中,开放阅读框(ORF)为1611 bp,编码 536 个氨基酸,5′UTR长 134 bp,3′UTR长 191 bp;TTLL蛋白靠近N端处具有一个TTL结构域;多序列比对及系统进化树分析显示,马氏珠母贝与其他物种的TTLL氨基酸序列具有较高的同源性,并与长牡蛎Crassostrea gigas等双壳贝类聚为一支;qRT-PCR分析显示,TTLL基因在马氏珠母贝外套膜、闭壳肌、性腺、肝胰腺、鳃和足中均有表达,在性腺中表达量最高(P＜0.05),在生长性状较好的大规格群体和杂交家系中高表达(P＜0.05),在卵和受精卵中的表达量也显著高于其他发育时期(P＜0.05);马氏珠母贝TTLL基因共有 277 个SNP位点,其中,109 个SNP 位点符合哈迪-温伯格平衡,6 个位点为中度多态,103 个位点为低度多态;对基因外显子SNPs单倍型分析发现,4 个 SNP 位点形成了 2 个单倍块、5 种单倍型,单倍型 GG为优异单倍型,其生长性状显著高于单倍型AA;对基因突变位点分析发现,7 个SNP位点发生了突变,包括4个错义突变和3个同义突变,其中,位点g.7572350 T＞G和g.7572368 A＞G与壳宽显著性关联(P＜0.05),位点g.7572405 C＞T与壳长、壳高显著性关联(P＜0.05),而其他突变位点对生长性状无显著性关联(P＞0.05).研究表明,TTLL基因参与马氏珠母贝的生长发育过程,且其优异单倍型GG及突变位点g.7572350 T＞G、g.7572368 A＞G和g.7572405 C＞T均有利于马氏珠母贝的生长.
文献关键词：
马氏珠母贝;微管蛋白酪氨酸连接酶样(TTLL);序列特征;表达模式;SNPs;生长性状
中图分类号：
作者姓名：
尹诗欣;李志屿;杨晶淼;廖永山;杨创业;邓岳文;王庆恒
作者机构：
广东海洋大学 水产学院, 广东 湛江 524088;广东海洋大学 珍珠研究所, 广东 湛江 524088;广东省珍珠养殖与加工工程技术研究中心, 广东 湛江 524088
文献出处：
引用格式：
[1]尹诗欣;李志屿;杨晶淼;廖永山;杨创业;邓岳文;王庆恒-.马氏珠母贝TTLL基因的序列特征、SNP筛选及其与生长性状的关联分析)[J].大连海洋大学学报,2022(06):949-959
A类：
TTLL,fuca
B类：
马氏珠母贝,序列特征,生长性状,微管蛋白,酪氨酸,连接酶,tubulin,tyrosine,ligase,like,Pinctada,martensii,表达模式,RACE,cDNA,全长,bp,开放阅读框,ORF,UTR,结构域,多序列比对,系统进化树分析,氨基酸序列,同源性,长牡蛎,Crassostrea,gigas,双壳贝类,类聚,qRT,外套膜,闭壳肌,性腺,肝胰腺,大规格,家系,受精卵,发育时期,哈迪,温伯格,个位,低度,外显子,SNPs,单倍型分析,GG,优异单倍型,AA,基因突变位点,错义突变,同义突变,壳宽,壳长,高显
AB值：
0.261468
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
