旨在通过对产蛋前期和产蛋高峰期鸡肝全基因组甲基化差异进行分析,解析基因组甲基化对不同发育阶段肝中基因表达差异的影响.本研究采用全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)技术对产蛋前期(20周龄)和产蛋高峰期(30周龄,各3只DNA混池)卢氏绿壳蛋鸡肝全基因组的甲基化水平进行检测,并与已有的肝mRNA转录组数据进行整合分析,探讨基因组甲基化对不同生理阶段基因表达差异的影响.结果表明,全基因组范围约有4％的胞嘧啶(C)发生了甲基化(mC);两个生理阶段的总体甲基化水平基本一致.共检测到670个差异甲基化区域(DMRs)和356个差异甲基化基因(DMGs).基因本体(GO)和相关信号通路(KEGG)分析发现,超甲基化DMGs显著富集在发育的正向调控、细胞形态改变的调控、VEGF信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调控、粘着斑及间隙连接等相关过程,低甲基化DMGs显著富集在胚胎消化道形态的发生、间充质细胞增殖的正向调控、淀粉和蔗糖代谢及Wnt信号通路等相关过程.基因不同功能区域甲基化水平与基因表达水平有关,启动子(promoter)及基因体(gene body)区域甲基化水平与基因表达水平呈显著负相关,其他区域(内含子、3'UTR)的甲基化水平与基因的表达水平无明显关系.其中,与肝脂质代谢相关的候选基因RASD1、HAO1、UBE2O、MSRB3受甲基化调控.本研究绘制了不同生理时期卢氏绿壳蛋鸡全基因组甲基化图谱,结合mRNA转录组数据阐述了 DNA甲基化在基因表达方面的调控作用,并鉴定出了不同生理时期受甲基化调控的基因,为深入研究表观遗传调控在不同生理时期蛋鸡肝代谢中的作用机制提供参考.

卢氏绿壳蛋鸡;肝;全基因组甲基化;转录组;脂质代谢

郭玉龙;职毅豪;李欣妍;董佳佳;李转见;田亚东;李红;刘小军

河南农业大学动物科技学院,郑州450046;河南省鸡种质资源创新与利用重点实验室,郑州450046;河南省家禽育种国际联合实验室,郑州450002

畜牧兽医学报

[1]郭玉龙;职毅豪;李欣妍;董佳佳;李转见;田亚东;李红;刘小军-.产蛋前期和产蛋高峰期鸡全基因组甲基化差异及其对肝脏转录组影响的研究)[J].畜牧兽医学报,2022(09):2888-2899

卢氏绿壳蛋鸡,RASD1,HAO1,UBE2O

产蛋,高峰期,全基因组甲基化,肝脏转录组,鸡肝,发育阶段,基因表达差异,重亚硫酸盐测序,WGBS,周龄,甲基化水平,转录组数据,整合分析,胞嘧啶,mC,DMRs,差异甲基化基因,DMGs,基因本体,细胞形态,形态改变,VEGF,肌动蛋白,细胞骨架,粘着,间隙连接,关过,间充质细胞,蔗糖代谢,Wnt,不同功能区,功能区域,基因表达水平,启动子,promoter,gene,body,内含子,UTR,肝脂,脂质代谢,候选基因,MSRB3,表观遗传调控

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