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基于多组学整合分析牛膝醇提物诱导兔骨髓间充质干细胞软骨分化的生物网络机制研究
文献摘要：
目的:观察牛膝醇提物诱导兔骨髓间充质干细胞(Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells,BMSCs)软骨分化的多组学生物网络机制.方法:将12只实验兔随机分为空白组、牛膝醇提物组、阳性对照组,每组4只,制备含药血清.再用密度梯度离心联合骨髓贴壁法分离培养兔BMSCs,取P3代细胞随机分成3组:空白组、牛膝醇提物组、阳性对照组,用不同组别含药血清连续诱导培养21 d后,用同位素标记相对和绝对定量(Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantification,iTRAQ)结合双向液相色谱-串联质谱技术测定不同组别差异表达蛋白质,用转录组测序筛选不同组别差异表达基因.采用生物信息学进行三组整合韦恩分析、基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及网络拓扑学分析,并构建生物网络蛋白质-蛋白质相互作用图.结果:韦恩分析显示牛膝醇提物组vs.空白组共有14个蛋白/基因,阳性对照组vs.空白组共有48个蛋白/基因,阳性对照组vs.牛膝醇提物组共有25个蛋白/基因;富集分析显示牛膝醇提物组vs.空白组共富集到7个GO功能或KEGG通路,阳性对照组vs.空白组共富集到21个GO功能或KEGG通路,阳性对照组vs.牛膝醇提物组共富集到10个GO功能或KEGG通路;网络拓扑学分析显示在网络中节点3种网络拓扑性质计算得分Top10的节点基因方面,牛膝醇提物组vs.空白组是ISG15、HSPA5、HYOU1、HSP90B1、ERO1A、MANF、SLC3A2、DDX58、PRKRA、RAB39B,阳性对照组vs.空白组是HSPA5、HSP90B1、PDIA4、CTSB、VCL、LDHA、HYOU1、PHGDH、LGALS3、TFRC,阳性对照组vs.牛膝醇提物组是LGALS3、CTSB、FABP4、ANPEP、HP、ACAN、CD9、TFRC、LCP1、NID2.结论:牛膝醇提物诱导兔BMSCs成软骨分化具有多靶点、多中心的网络调控作用,其具体的作用机制有待进一步验证研究.
文献关键词：
牛膝醇提物;骨髓间充质干细胞;蛋白质组学;转录组学;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
马笃军;赵静;彭力平;廖州伟;朱厚均;刘乐诗;孙志涛
作者机构：
广州中医药大学第四临床医学院,广东 深圳,518033;广州中医药大学,广东 广州,510006
文献出处：
引用格式：
[1]马笃军;赵静;彭力平;廖州伟;朱厚均;刘乐诗;孙志涛-.基于多组学整合分析牛膝醇提物诱导兔骨髓间充质干细胞软骨分化的生物网络机制研究)[J].中医临床研究,2022(26):15-19
A类：
牛膝醇提物,Isobaric,HYOU1,HSP90B1,PRKRA,RAB39B,PDIA4
B类：
多组学整合分析,兔骨,骨髓间充质干细胞,生物网,网络机制,Bone,Marrow,Mesenchymal,Stem,Cells,BMSCs,实验兔,阳性对照,含药血清,密度梯度,贴壁,分离培养,养兔,P3,组别,诱导培养,同位素标记相对和绝对定量,Tags,Relative,Absolute,Quantification,iTRAQ,串联质谱技术,差异表达蛋白,转录组测序,差异表达基因,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,富集分析,网络拓扑学分析,蛋白质相互作用,共富集,中节点,网络拓扑性,拓扑性质,Top10,节点基因,ISG15,HSPA5,ERO1A,MANF,SLC3A2,DDX58,CTSB,VCL,LDHA,PHGDH,LGALS3,TFRC,FABP4,ANPEP,HP,ACAN,CD9,LCP1,NID2,成软骨分化,多靶点,多中心,蛋白质组学,转录组学,生物信息学分析
AB值：
0.299628
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