典型文献
心肌纤维化关键基因与通路的研究及有效中药预测
文献摘要：
目的:应用生物信息学方法筛选心肌纤维化(myocardial fibrosis)的关键基因,探讨其发病机制并预测治疗心肌纤维化的潜在中药.方法:基于基因表达数据库(GEO)中的基因芯片GSE59437原始数据,其中纳入了3例对照组小鼠和3例使用血管紧张素Ⅱ诱导的心肌纤维化小鼠心肌组织样本.使用R语言处理数据并筛选表达显著差异基因(DEG),使用DAVID数据库和R语言对差异基因进行基因本体论(GO)注释以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,利用STRING数据库构架蛋白蛋白互作(PPI)网络,利用Cytoscape软件进行可视化并利用MCODE插件筛选网络中的关键功能模块.利用医学本体信息检索平台(coremine medical)对关键基因进行映射,构建基因-中药网络,并筛选治疗心肌纤维化的中药.结果:经过筛选获得208个DEGs,其中94个为上调,114个为下调.DEGs主要参与了细胞外基质重构、胶原纤维沉积和脂质代谢紊乱等多种生物过程,KEGG通路富集涉及血小板活化、催产素信号通路、胰岛素分泌、ECM受体相互作用、GnRH信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等信号通路.PPI网络的关键模块包括:结缔组织生长因子(CTGF)、金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1)、分泌型磷蛋白1(SPP1)、纤溶酶原激活物抑制剂1(SERPINE1)、胶原α1(Ⅲ)链(COL3A1)、骨膜素(POSTN)、原癌基因c-FOS(FOS)7个基因.筛选得到治疗心肌纤维化的潜在中药为:黄芪、葶苈子、丹参.结论:心肌纤维化是一个复杂的病理过程,细胞外基质合成与降解失衡、胶原纤维过度沉积等有关的基因在此过程中发挥着重要作用,本研究为进一步探索心肌纤维化的发病机制,寻找治疗靶点以及潜在的治疗中药提供了科学借鉴.
文献关键词：
生物信息学;心肌纤维化;中药;病理机制
中图分类号：
作者姓名：
周宙;王震;刘杨;王咏;杨传华
作者机构：
山东中医药大学,山东 济南 250000;山东中医药大学附属医院,山东 济南 250000
文献出处：
引用格式：
[1]周宙;王震;刘杨;王咏;杨传华-.心肌纤维化关键基因与通路的研究及有效中药预测)[J].海南医学院学报,2022(13):1000-1009,1020
A类：
GSE59437,coremine
B类：
心肌纤维化,关键基因,中药预测,生物信息学方法,myocardial,fibrosis,基因表达数据库,GEO,基因芯片,原始数据,用血,血管紧张素,心肌组织,语言处理,差异基因,DAVID,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,通路富集,STRING,构架,蛋白互作,PPI,Cytoscape,MCODE,插件,功能模块,信息检索,检索平台,medical,过筛,DEGs,细胞外基质重构,胶原纤维沉积,脂质代谢紊乱,生物过程,血小板活化,催产素,胰岛素分泌,ECM,GnRH,肿瘤坏死因子信号通路,结缔组织生长因子,CTGF,金属蛋白酶,蛋白酶抑制剂,TIMP1,磷蛋白,SPP1,纤溶酶原,激活物,SERPINE1,COL3A1,骨膜素,POSTN,原癌基因,FOS,选得,黄芪,葶苈子,丹参,病理过程,治疗靶点,病理机制
AB值：
0.319485
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