典型文献
基于WGCNA的棉花子叶抗冷相关共表达模块鉴定
文献摘要：
权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是系统生物学的一种研究方法,在多样本转录组数据中挖掘与目标性状相关的基因模块应用较广泛.为深入探究棉花应对冷害胁迫的分子机制,以4℃低温处理不同时间点的2个棉花品种(新陆中16和新陆中32)幼苗子叶转录组数据为基础,过滤低表达量基因,最终利用筛选的22 083个表达的基因来构建共表达矩阵,得到9个共表达模块,其中2个为抗冷相关特异性模块(Blue模块与低温处理0、1和3 h时间点正相关,Brown模块与低温处理9和12 h时间点正相关).GO和KEGG富集分析表明,特异性模块可以富集到对刺激反应的调节(GO:0048583)、对胁迫反应的调节(GO:0080134)、对油菜素类固醇的反应(GO:0009741)等抗逆相关通路.通过计算模块内基因的连通性挖掘网络中的核心基因,功能注释表明这些基因可能在棉花抗冷过程中发挥着重要作用.该结果为进一步研究棉花抗冷调控机理提供数据支持.
文献关键词：
权重基因共表达网络分析;棉花;冷害胁迫;转录组
中图分类号：
作者姓名：
周雨青;杨永飞;葛常伟;沈倩;张思平;刘绍东;马慧娟;陈静;刘瑞华;李士丛;赵新华;李存东;庞朝友
作者机构：
河北农业大学农学院,棉花生物学国家重点实验室河北基地,河北保定071001;中国农业科学院棉花研究所,棉花生物学国家重点实验室,河南安阳455000
文献出处：
引用格式：
[1]周雨青;杨永飞;葛常伟;沈倩;张思平;刘绍东;马慧娟;陈静;刘瑞华;李士丛;赵新华;李存东;庞朝友-.基于WGCNA的棉花子叶抗冷相关共表达模块鉴定)[J].中国农业科技导报,2022(04):52-62
A类：
棉花子
B类：
WGCNA,子叶,权重基因共表达网络分析,weighted,gene,co,expression,network,analysis,系统生物学,转录组数据,目标性,冷害胁迫,低温处理,不同时间点,棉花品种,幼苗,苗子,低表达,特异性模块,Blue,Brown,富集分析,刺激反应,胁迫反应,油菜素类固醇,抗逆,相关通路,连通性,核心基因,功能注释,冷调,调控机理
AB值：
0.331932
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