典型文献
基于基因表达综合数据库和生物信息学分析筛选小鼠支气管肺发育不良相关的潜在关键基因
文献摘要：
目的 筛选小鼠支气管肺发育不良(BPD)相关的潜在关键基因.方法 从基因表达综合(GEO)数据库中获取BPD小鼠GSE25286和GSE29632数据集,筛选出2个数据集中共同的差异基因.通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析上述差异基因的生物学作用.利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),利用Cytoscape3.7.2的CytoHubba插件筛选PPI网络中关键基因,再利用clusterProfiler包的关键基因进行GO和KEGG分析.结果 GSE25286和GSE29632数据集中共筛选出45个共同差异基因.GO富集分析表明差异基因主要富集于受体配体活性、细胞因子活性、生长因子活性、趋化因子活性、受体复合物、质膜受体复合体等,KEGG结果显示差异基因主要富集于细胞因子受体相互作用、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、p53信号通路、缺氧诱导因子1信号通路等.在PPI网络中筛选出7个关键基因:分别为早期生长反应1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1A、丝氨酸蛋白酶抑制因子1、生长分化因子15、细胞因子信号传导抑制因子3、血小板反应蛋白1、抑瘤素M受体基因.结论 BPD的生物信息学分析可发现相关潜在关键基因,可能为探索BPD潜在发病机制和治疗靶点提供理论依据.
文献关键词：
支气管肺发育不良;生物信息学;差异基因;基因表达综合数据库
中图分类号：
作者姓名：
成小蓉;姜军;吴大珍;莫连芹;黄栋
作者机构：
贵州医科大学附属人民医院 贵州省人民医院儿童重症医学科,贵阳550002
文献出处：
引用格式：
[1]成小蓉;姜军;吴大珍;莫连芹;黄栋-.基于基因表达综合数据库和生物信息学分析筛选小鼠支气管肺发育不良相关的潜在关键基因)[J].中国医药,2022(09):1352-1355
A类：
GSE25286,GSE29632
B类：
基因表达综合数据库,生物信息学分析,支气管肺发育不良,良相,关键基因,BPD,GEO,差异基因,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,通路分析,生物学作用,STRING,数据库构建,蛋白质相互作用网络,PPI,Cytoscape3,CytoHubba,插件,clusterProfiler,富集分析,趋化因子,复合物,质膜,膜受体,复合体,细胞因子受体,磷脂酰肌醇,蛋白激酶,肿瘤坏死因子信号通路,p53,缺氧诱导因子,早期生长,细胞周期蛋白依赖性激酶,酶抑制,抑制因子,1A,丝氨酸蛋白酶,生长分化因子,信号传导,血小板反应蛋白,抑瘤,治疗靶点
AB值：
0.247634
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