为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠（14只雄和11只雌性）粪便样本DNA，基于IonS5TMXL测序平台，利用单端测序（Single-End）的方法，构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤，操作分类单元（Operational Taxonomic Units，OTUs）聚类，利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析，并进一步开展α多样性分析（Alpha Diversity）和β多样性分析（Beta Diversity）。结果显示，从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条，归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上，小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门（Firmicutes，46.04%），拟杆菌门（Bacteroidetes，25.34%）；随后依次为变形菌门（Proteobacteria，17.09%），柔壁菌门（Tenericutes，7.38%），放线菌门（Actinobacteria，1.67%）；这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属（ Helicobacter）所占比例最大，为12.44%；其次为乳杆菌属（ Lactobacillus，11.39%），梭菌属（ Clostridium，6.19%），支原体属（ Mycoplasma，4.23%），黄杆菌属（ Flavonifractor，3.52%）。综上，高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂，菌种多样，具有进一步研究的意义。

肠道微生物;高通量测序;操作分类单元;小泡巨鼠

轩断断;黎元莉;张冠男;丁林威;曹佩佩;贾瑞杰;郑玉爱;周晓君;潘良源;胡守奎;牛莉娜

海南医学院热带病转化医学教育部重点实验室　海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室　海南医学院病原生物学教研室，海口571101;三亚市人民医院检验科，三亚572000;北京大学首钢医院检验科，北京100144

中华预防医学杂志

[1]轩断断;黎元莉;张冠男;丁林威;曹佩佩;贾瑞杰;郑玉爱;周晓君;潘良源;胡守奎;牛莉娜-.基于illumina测序技术分析小泡巨鼠肠道微生物多样性)[J].中华预防医学杂志,2022(04):512-518

小泡巨鼠,mothur,SSUrRNA

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