[目的]探讨天山北麓赤麻鸭肠道细菌多样性及其与栖息地环境之间的关系.[方法]于2017年秋季在天山北麓5个栖息地随机采取新鲜的赤麻鸭粪便,用细菌16SrDNA通用引物扩增V3-V4区并进行高通量测序,使用BLAST、USEARCH和QIIME等软件和在线工具分析各栖息地样品菌群组成与差异.[结果]从赤麻鸭粪便样本中共获得16SrDNA有效序列408 036条,聚类产生1 014个操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU).样品中的细菌分属25个门和397个属.在门分类阶元上,变形菌门和厚壁菌门在所有样品中均为优势菌,相对丰度较高的还包括拟杆菌门、梭杆菌门、放线菌门、蓝藻细菌、螺旋体门、Saccharibacteria和迷踪菌门,但以上细菌在各栖息地样品中的相对丰度存在差异.在属分类阶元上,各栖息地样品的菌群组成差异显著,艾比湖、安集海水库、奎屯水库、蘑菇湖水库和八一水库样品的优势菌分别为鲸杆菌属、巨单胞菌属、假单胞菌属、乳酸菌属和链球菌属.对不同样品菌群组成和差异分析表明,赤麻鸭胃肠道菌群组成受环境和食源的影响较大.[结论]新疆5个栖息地赤麻鸭肠道细菌多样性较为丰富,菌群组成有一定的共性,同时也存在明显的差异性,其主要与赤麻鸭所处环境和食源结构有关.

赤麻鸭;肠道菌群;多样性;高通量测序;栖息地

杜菲;王瑞红;曹建;彭鹏;阿木提喀日?马木提;常娜娜;初冬;孙贺廷;马正海;毕玉海

新疆大学生命科学与技术学院,新疆生物资源基因工程重点实验室,新疆乌鲁木齐830046;中国动物疫病预防控制中心,北京100125;中国科学院微生物研究所,病原微生物与免疫学重点实验室,北京100101;国家林业和草原局,野生动物疫源疫病监测总站,辽宁沈阳110034;中国科学院大学,北京101408

微生物学报

[1]杜菲;王瑞红;曹建;彭鹏;阿木提喀日?马木提;常娜娜;初冬;孙贺廷;马正海;毕玉海-.新疆不同栖息地赤麻鸭肠道菌群多样性研究)[J].微生物学报,2022(01):1-9

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