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腹主动脉瘤特异性ceRNA调控网络的筛选与构建
文献摘要：
背景与目的:腹主动脉瘤(AAA)是一种在老年患者中发病率及病死率均较高的疾病.目前基于内源性竞争RNA(ceRNA)网络在AAA发病机制中的作用不明.本研究通过筛选和构建AAA特异性的长链非编码RNA(IncRNA)-微小RNA(miRNA)-mRNA的ceRNA网络,以期揭示ceRNA网络在AAA形成与发展中的作用.方法:首先通过基因表达数据库(GEO)筛选数据集,寻找AAA与正常腹主动脉组织的差异lncRNA及差异mRNA;利用Lasso回归从差异RNA中筛选疾病特征性基因;运用软件Starbase寻找与差异lncRNA和特异性mRNA共同结合的miRNA,利用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络,使用Cytoscape中的cytohubba模块进一步筛选核心ceRNA网络.结果:筛选获得GSE7084和GSE57691两个数据集,获得差异mRNA 114个,差异lncRNA 13个;利用Lasso回归从差异mRNA中获得17个特异性的mRNA;结果显示,lncRNA HCP5-miR27-FOSB被认为可能是导致AAA发生发展最为关键的ceRNA网络.结论:所构建的ceRNA网络可能参与AAA的形成及发展,但该结果需开展后续研究进一步探明和验证.
文献关键词：
主动脉瘤;腹;RNA;未翻译;计算生物学
中图分类号：
作者姓名：
霍金龙;吴浪;赵纪春;郭又铭;瞿锐;赵礼金
作者机构：
遵义医科大学附属医院普通外科,贵州遵义563000;遵义市第一人民医院/遵义医科大学第三附属医院乳甲中心,贵州遵义563000;遵义市第一人民医院/遵义医科大学第三附属医院心脏血管外科,贵州遵义563000;四川大学华西医院血管外科，四川 成都 610043
文献出处：
引用格式：
[1]霍金龙;吴浪;赵纪春;郭又铭;瞿锐;赵礼金-.腹主动脉瘤特异性ceRNA调控网络的筛选与构建)[J].中国普通外科杂志,2022(12):1653-1659
A类：
GSE7084,GSE57691,miR27
B类：
腹主动脉瘤,ceRNA,调控网络,AAA,老年患者,病死率,内源性,过筛,长链非编码,IncRNA,miRNA,形成与发展,基因表达数据库,GEO,lncRNA,Lasso,疾病特征,特征性,Starbase,Cytoscape,软件构建,cytohubba,HCP5,FOSB,未翻译,计算生物学
AB值：
0.285006
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