典型文献
基于基因表达综合数据库筛选调控急性T淋巴细胞白血病超高剂量率放疗敏感性的枢纽基因
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法对基因表达综合(GEO)数据库中超高剂量率(FLASH)放疗的数据进行分析，寻找参与调控急性T淋巴细胞白血病FLASH放疗敏感性的枢纽(Hub)基因。方法:从GEO数据库中下载和提取接受FLASH放疗恶性肿瘤基因表达谱芯片数据，采用R软件进行差异基因的筛选，并对这些基因进行生物学功能、信号传导通路等分析。通过STRING在线软件分析差异基因的蛋白质相互作用(PPI) 网络，Cytoscape插件筛选Hub基因。最后，应用肿瘤基因组图谱(TCGA)和GTEx数据库验证Hub基因在急性T淋巴细胞白血病中的表达情况。结果:自GEO数据库中获得GSE100718芯片数据，共有12 800个基因与急性T淋巴细胞白血病放疗敏感性相关。选择表达量显著改变的61个基因进行进一步分析，这些基因参与代谢、应激反应、免疫应答等生物学过程。主要涉及氧化磷酸化、未折叠蛋白应答、脂质代谢等信号转导通路。通过PPI分析筛选出的Hub基因及后续验证表明HSPA5及SCD参与调控FLASH放疗敏感性，且在合并TRD/LMO2融合基因的急性T淋巴细胞白血病中显著高表达。结论:通过生物信息学分析可以有效筛选出调控FLASH放疗敏感性的Hub基因，基因表达谱可用于指导肿瘤患者分层以实现精准放疗。
文献关键词：
超高剂量率放疗;常规放疗;GEO数据库;放疗敏感性;枢纽基因
中图分类号：
作者姓名：
罗辉;王刘祥;Ron Leavitt;孙亚楠;宋帅;王晓辉;毛荣虎;马蕾杰;雷宏昌;葛红
作者机构：
郑州大学附属肿瘤医院肿瘤放疗科，郑州 450008;郑州大学医学科学院，郑州 450001;洛桑大学附属医院放疗科，洛桑 瑞士 1002
文献出处：
引用格式：
[1]罗辉;王刘祥;Ron Leavitt;孙亚楠;宋帅;王晓辉;毛荣虎;马蕾杰;雷宏昌;葛红-.基于基因表达综合数据库筛选调控急性T淋巴细胞白血病超高剂量率放疗敏感性的枢纽基因)[J].中华放射医学与防护杂志,2022(10):738-744
A类：
GSE100718,LMO2
B类：
基因表达综合数据库,选调,淋巴细胞白血病,超高剂量率放疗,放疗敏感性,枢纽基因,生物信息学方法,GEO,中超,FLASH,Hub,下载,基因表达谱芯片,差异基因,生物学功能,信号传导通路,STRING,蛋白质相互作用,PPI,Cytoscape,插件,肿瘤基因组图谱,TCGA,GTEx,应激反应,免疫应答,生物学过程,氧化磷酸化,未折叠蛋白,脂质代谢,信号转导通路,HSPA5,SCD,TRD,融合基因,生物信息学分析,出调,肿瘤患者,精准放疗,常规放疗
AB值：
0.239902
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